尽管享受着高标准的安全保护待遇，这棵举世关注的圣菩提树照样面临着生存威胁。目前在菩提迦耶的黑市上，圣菩提树一片自然掉落的树叶最高可卖到10美元，一条能够嫁接存活的树枝价值更难以估计，这种有价无市的局面往往会招致不法之徒铤而走险。前段时间，这棵菩提树上出现了一个新伤疤，当地政府一直在进行调查。

此外，圣菩提树也饱受“香火过多”的困扰。成千上万的善男信女每天在菩提树下摆满了香烛和油灯，以表达敬仰及缅怀之情，但油灯燃烧产生的热气及一氧化碳等物质使菩提树叶表面覆盖了一层薄膜，无法进行光合作用。有关各方正想办法对这棵树做最好的保护。