在佛教传说中，信徒们认为，玛旁雍错的湖水直接来自神山的融雪，是圣水，用它来洗浴能清除人们心灵上的“五毒”(贪、嗔、痴、怠、嫉)，清除人肌肤上的污秽。饮此湖水，可祛除百病强身健体。朝圣者如绕湖转经，可得功德无量。很多书籍和经典描写玛旁雍错的水“像珍珠一样”，喝了以后能洗脱“百世罪孽”。

唐朝高僧玄奘在其所著《大唐西域记》中对玛旁雍错也有所描写，称之为“西天瑶池”。佛教经典中将一处湖泊称为“世界江河之母”，所指就是与神山并列齐名的“圣湖”玛旁雍错。

有佛经云，相传在佛陀降世前的一天夜里，其母摩耶夫人梦见众神把她送到玛旁雍湖进行沐浴。湖周围是人间天堂，长满了各种医治身心疾病的草药。摩耶夫人在洗净身上的一切污秽之后，便准备接受佛陀的妊娠，此时佛陀就出现在岗底斯山方向，他乘骑一头大象化作一道光进入母胎……这与现在人们确信在玛旁雍湖周围长有各种植物药材，周围泉水皆可医治各种疾病是相吻合的，就连湖边的干鱼也是治病的良药。