但值得注意的是，薯类尤其是土豆，含有一种叫生物碱为有毒物质，人体摄入大量的生物碱，会引起中毒、恶心、腹泻等反应。这种有毒的化合物，通常多集中在土豆皮里，因此食用时一定要去皮，特别是要削净已变绿的皮。此外，发了芽的土豆更有毒，食用时一定要把芽和芽根挖掉，并放入清水中浸泡，炖煮时宜大火。

另外，如果孕妇经常食用生物碱含量较高的薯类，蓄积在体内就可能导致胎儿畸形。当然，人的个体差异相当大，并非每个人食用了薯类都会发生异常，但是孕妇还是以不吃或少吃薯类为好，特别是不吃长期贮存、发芽的薯类，这一点对处于妊娠早期的妇女来说尤其重要。