1990年9月2日，马琳进入省体校，因为改了几次打法，多少影响了他的进步速度，再加上当时直板打法不被看好，所以一直进不了省队。1992年，广东汕头成立了乒协，一位姓方的企业家出资成立了汕头市乒乓球队，他给省体校的教练来了一封信，希望能让马琳去汕头打球。教练觉得这是一个路子，主张马琳去汕头。就这样，1992年12月27日，马琳去了汕头，在那里他进步很快，不久，他就进了国家队，并有了几次参加国际比赛的机会。