在检讨发展旅游业对绿岛生态产生影响的同时，更多的人把眼光放在加强提高绿岛居民的环保意识上。有识之士指出，绿岛旅游旺季一年最多3个月，旅客对海洋生物伤害有限，反而是当地民众的滥捕，造成椰子蟹的大量减少使原本亲近人类的海洋生物开始害怕人类。
1990年2月被纳入台湾东部海岸风景区管理处经营范围的绿岛，用生态度假的理念来规划发展。绿岛已建立了一个垃圾填埋场，专门用于处理岛上的生活垃圾和旅游垃圾。由于绿岛日常生活所需物资几乎全部依赖进口，所以有关部门提出了善意的忠告： “到此旅游宜持返璞归真之心情，吃喝应力求俭约。岛上各类贝壳、珊瑚、石头、植物及野生动植物未经许可均不得携带出境……”
网络出现后，有关“绿岛”的网站越来越多，而绿岛何去何从也成为网民们关注的焦点。一位网民这样写道：绿岛神秘又带有那么一点儿不光彩，一听到绿岛，人们的心情是复杂的、兴奋的、不安的、快乐的……祈愿台湾这最后一片净土平安、快乐。
