为什么要做密云水库，或者说这么关注密云水库呢？它是中国华北地区最大的一个生态水库，在全国来说这种规模的水库也是屈指可数，上世纪50年代末期开始修建，1961年开始蓄水，库容是43亿立方米。当初修建时是多目标的：防洪、发电、养殖、灌溉以及水源供应。随着水资源形势的变化，特别是到了90年代中期以后，其他的用途如工业、农业用水都退了出去，只剩下最重要的一个功能，即作为饮用水源。目前，北京共有1500万人口，其中70%～80%的人所喝的饮用水都来自与此。北京原来有两个大的水库：密云水库和官厅水库。但是官厅水库在建成和运行过程中有相当多的问题，它的上游主要部分位于河北境内，和密云水库一样，建成都是在上个世纪五十年代末六十年代初，这些年的发展过程中污染比较严重，九十年代初就退出了饮用水的供水系统，迫使密云水库从原来的多功能转向单功能，变成北京唯一的饮用水源地，因此很多人比喻密云水库是北京的生命线。密云水库作为北京的供水源主要有两种方式：一种是直接取水，进入水源厂进行处理，然后进入饮用水；另一种是水库放下来的水储存在以怀柔为中心的地下备用。
此外还有一个重要原因，从五十年代以来，来水量(上游的入库水)和降水量都在减少，面临双重压力。整个积水面积是15790平方公里，在北京境内也就5000平方公里，其余都在河北境内，承德和张家口两地。这些上游地区也要发展，无论是农业和种植业的变化，还是工业的进展都需要用水，这就导致来水量减少。特别是从1999年开始，一直处于相对偏干旱的状况下，很多年份降水不足正常降水量(550～600毫升/年)的2/3。根据他们掌握的资料显示，历史上密云水库最大的库存都不到30亿立方米。在干旱年份，每年储水量就10亿多，而北京一年正常用水量不会低于10～12亿立方米。这就是北京现在面临的水资源状况。
植被与水
关于如何做好密云水库的水资源保护工作，水利、环保、农村各部门都有自己的做法。余教授的研究是关注如何以生物措施为主体，通过植被达到保护水源的目的。他表示：“我们在科研方面做的工作就是如何通过植被来调节、涵养水源，让水量和水质都得到改善。从学科角度来说，做了大量基础性研究，要搞清楚森林以及森林植被到底对水有什么样的影响。反过来，水对植被又有什么影响。”在国内在一个区域连续集中地做这么长时间，还是非常少见的。
他们分别在群落水平、系统水平和景观水平这三个尺度上，选择典型流域和典型植被，长期观测现有植被，关注其水量、水质、土壤侵蚀状况，并且和生产结合进行一些处理，比如说原来植被较少，就采取人工造林或加强经营的方法让植被多起来，原来差的植被让它好起来，在时间上分别采集。通过这些工作，在理论上实现了几个比较重要的突破：搞清楚了三个层次——植被的冠层、地表的地被物层、临地土壤层对水作用和影响的机制过程。
