作为名侦探柯南里最神秘的组织，同时也是新一的最大敌人，他们的举手投足都会引来fans的关注，不过他们的目的到底是什么呢？

先注意一下灰原说过的一句话“工藤，你还不知道吧，组织跟半世纪前的计划就有关系”。这句话意味着该组织的历史非常长。从时间上推算，灰原说这句话的时间在1995-1996年左右（按照柯南里面的时间）。往前推算50年，就是1945-1946年，这个时期刚好就是二战结束日本战败的一年以内。

黑衣组织目前的活动范围主要在日本，在美国也制造过一些事端。把实验室建在东京也能说明他们活动的区域和范围。

黑衣组织每个人的身手都不错，比较有代表性的就是琴酒和贝尔莫。大家都还记得《往天国的倒数计时》中琴酒拿着狙击步枪准备狙击小哀的镜头吧，类似的情景在柯南中并不少见。这就能说明黑衣组织的正式成员都是训练有素的。那么他们到底在哪里完成这些只有军队和情报部门才有的专业性极强的训练的呢？另外并没有迹象表明他们和恐怖主义有关，与其说是恐怖主义还不如说是为了达到特定目的所做的必要工作。

事件方面，先看看至今为止排除掉跟小哀有关的事件并判明与组织相关的事件：1、以走私枪支的证据照片勒索1亿元；2、使用人质唆使抢劫10亿元，并射杀犯人，强行夺去赃款；3、通过贩卖情报获得4亿元，企图炸死交易对方，掩埋证据；4、与电玩公司职员买卖程序，为湮灭证据引爆了大厦内的饮食店；5、组织一成员（汽车公司社长）制造事故杀害失败的另一组织成员（政治家）。

排除掉为了资金和杀掉知情人，就只剩下程序的内容了。

关于APTX4869，可以认为只是组织为了行动更方便而研究出来的毒药，从第一集开始就很明显。新一和小哀因为它变小完全是意外。

《人鱼失踪记》中名册里出现了“宫野志保”的名字，虽然看起来像是偶然在哪里求签，但是注意“宫野志保”是长期处于黑衣组织控制之下的，而且在英国留学后就开始为黑衣组织研究化学药品。并且君惠的母亲是被火烧死的，如果几个人只是想试试看是不是真的有长生不老才放火我们本身也无从查起，但是不能排除宫野志保就是到那里去调查长生不老药的，然后黑衣组织用了掩人耳目的方法杀死了君惠的母亲。再加上贝尔莫的容貌疑问，也可以体现出这个问题。

综上整合以上论述：二战结束、日本、训练有素、程序、长生不老药，最后可以得出：二战结束后有部分坚持帝国主义的顽固分子发现了一种长生不老的药物，并且加以利用，然后策划实现大日本帝国统一世界的梦想而招兵买马、积极活动，目前准备利用某程序进行大规模破坏（或者是控制人的潜意识）！