预算执行审计是法律赋予审计机关的基本职能，它在发挥审计监督，促进财政改革和国民经济健康发展等方面都起到了积极作用。但随着我国社会主义市场经济体制下公共财政框架的建立，财政预算体制重大改革给审计带来了挑战，特别是县级预算执行审计的发展显得相对滞后和很不平衡，有的地方已经发展到以效益审计为重点的“参与决策”阶段了，可一些地方却还停留在“摸清家底”的起步阶段，在一些经济后发达地区，对预算执行审计工作的认识还没有达到应有的高度和深度，满足现状，不思进取，缺乏创新，预算执行审计工作还存在诸多需要我们认真思考并加以解决的问题：
1、审计目标定位不高，重点不突出。《审计法》规定审计机关应依法对各级人民政府及其各部门的财政收支真实、合法和效益进行审计监督。因此，监督财政收支真实性、合法性和效益性也就是预算执行审计目标。现阶段基层的大多数审计机关把预算执行审计目标主要定位在真实性、合法性上，在审计中，把核实财政收支、摸清家底、揭示问题作为审计具体目标，而对预算的编制环节关注不够、对预算支出的结构分析不够、对财政支出的效益性重视不够等等。对预算管理和效益性考虑就少一些，这是与我国现行财政体制是紧密相关的。在财政“大包大揽、重支轻管”的情况下，财政收支中违纪违规问题多，人大、政府较重视“钱”是否用在规定的用途上，预算执行审计将审计目标定位在“真实性、合法性”上是一种现实的必然选择，随着公共财政体制逐步建立，部门预算、国库集中支付和政府采购制度建立和推行，财政收支行为逐步得到规范，而财政资金使用效益情况如何，是否达到预期的效果，就成了人大、政府特别关注的问题，审计部门就必须围绕财政支出效益做文章，预算执行审计的目标应逐步由真实、合法性向效益性转变，这也是审计机关在今后财政审计发展中的必然选择。
审计重点不突出。首先是审计单位安排上重点不突出，现在由于政府的职能还没有得到根本转变，行使政府职能的部门较多，吃财政饭的单位还较多，预算执行审计对象固然就多，审计中就难免存在重数量而轻质量的现象，追求审计覆盖面，审计效果不是很好。在审计内容安排上重点不突出，审计法实施条例规定对预算执行情况进行审计监督的主要内容有八个方面，是同级审的重点，对其他财政收支情况进行审计监督是同级审的一个部分，并不是重点，但现在的同级审并没有抓住重点进行审计，有的更侧重于其他财政收支审计，还有的干脆把与预算执行审计相关程度不大的审计事项塞入预算执行审计中，把预算执行审计当作一个“框”，什么东西都往里面装，“两个报告”内容过多过杂，不该写的也写进去了，如纯粹企业财务收支审计情况，外资利用审计情况等，这一作法忽视了抓主要矛盾和矛盾的主要方面，冲淡了预算执行这一主题。没有突出《监督法》上人大对预算执行监督六个方面内容的要求，也没有体现《审计法》要求重点报告预算执行审计情况这一重点。
2、思路不清，目标不明，监督不力
本级预算执行审计的目标是什么、重点在那里，应该发挥怎样的作用，在一些地方，特别是县级审计机关还不是很清楚。因此，造成县级审计机关机械地参照上级的方案执行，有的则延续财务收支审计的路子，把重点放在财政、地税部门本身的违规问题上，导致“同级审”失去应有的作用。