耶稣堡位于蒙巴萨岛的东南角。联结东西方的新航路的开辟，使国际贸易和海上运输蓬勃发展，蒙巴萨是新航路上的重要补给点和货物集散地，于是成为争夺的目标。

1589年，奥斯曼土耳其帝国派远征军占领蒙巴萨并修筑城堡。1593年，葡萄牙人攻占了蒙巴萨，并在港湾岬角处修建更大的城堡以俯视和控制港口。由于葡萄牙传教士也随着商船四处布道，这座新城堡就被命名为耶稣堡。以后200年中被围多次，易手不下10次。葡萄牙人在1729年彻底放弃此地，此后，阿拉伯人和英国人先后统治东非海岸，直到1963年肯尼亚独立。