但应注意的是北府兵利于平衡上游压力，不过它本身有较强实力，而且朝廷本身难以有效控制，杂以其它如将领、时局等因素，使得它亦时兴时衰。例如，早先由郗鉴组建的北府兵，由于桓温兼并郗愔而不复存在；刘牢之时亦在几经挫折后归于失败。

三、门阀政治的衰落

淝水之战后，皇权出现振兴之势，门阀政治出现转折。

首先，东晋内部，士族当轴人物陆续凋零。门阀统治的持久在于昆弟同胞众多，但是由于相互间的倾轧、杀戮而势衰。桓冲，谢安、谢玄、谢石等相继死去。士族之中再也没有过去那种人才相衔而出的优势了。这使得司马皇室重振皇权成为可能。因此，孝武帝时，利用宗室人物加强皇权。[11]司马道子遂得以骠骑将军假节都督中外诸军事，以相权辅佐皇权，发挥了作用，暂时没有遇到来自士族的反抗，皇权在相对程度上加强了。正如《晋书》卷九一《范弘之传》太元十六年与会稽王司马道子笺曰:“晋自中兴以来，号令威权多出强臣。中宗、肃宗敛衽于王敦，先皇受屈于桓氏。今主上亲览万机，明公光赞百撰，政出王室，人无异望……”

皇权的伸张,并不是排除士族,而是要求他们从属于皇权。例如此时的太原王氏，均以皇室姻亲而成为晚年政局的重要人物，借皇权保留他们的权力。而且最重要的是作为士族代表的他们没有“专兵”，而是仰赖于非门阀的刘牢之。这实际上也就暗示着门阀政治的终场。

由于门阀士族的衰落，皇权有恢复的可能。但同时非门阀的士族刘裕，孙恩，卢循[12]出现，使其成为一种空想。孙恩、卢循起义，扫荡了门阀等大族势力，同时给了刘裕等低等士族攫取权力的机会，又让他们逐渐成熟起来。门阀斗争使得实力内耗，后继无人，皇室亦雪上加霜，这有利于新的势力出现并掌权，一举恢复皇权也有望了。

果然，刘裕凭借北府兵实力，并利用当时的皆弱局面，代晋立宋，士族的衰弱使得皇权再次强化，开启南朝皇权政治的新局面。此时，严格的门阀政治已经不存在了，残存的门阀士族只好摆出傲慢的姿态，以展示自己以及家族的特权和社会地位。东晋已有倾向的官职清浊现象愈加显现。

东晋门阀政治的衰落有其内部原因。东晋士族主流思想是玄学。重清谈之风，以虚誉为荣，多尚“出世”，虽然之前玄儒结合，但是之后，“居官无官官之事，处事无事事之心”，都越来越不婴世务了。以其后的永和文学为例，它溺于玄风，内容空泛。其诗，恰如钟嵘《诗品·序》所评，“理过其词，淡乎寡味”。

通过 王伊同 先生《五朝门第》中的《高门世系婚姻表》可知侨姓士族终东晋世居显位不衰的，并不很多。极其狭窄的通婚范围，可能是士族人才日趋退化的一个重要原因。