湖心岛原本是与多伦多相连的一个圆弧形半岛，为多伦多提供天然的避风港，但是 1858 年的一次大风暴使得半岛断裂成六个小岛，后来一条人工运河又将其中的一个小岛和大陆分隔开来，最终形成了今天的湖心岛。

岛上最初的居民是北美印第安人， 1830 年以后，欧洲殖民者来到此地，将它用作渔港。二十世纪二十年代开始，湖心岛成为城中富人的度假地，大批的别墅和露营地就在此期间兴建。到了周末，岛上的游乐园和棒球场总会吸引大批的城中居民。到湖心岛游玩成为多伦多人方便可行的度假方式。

到了五十年代，多伦多市政府决定将群岛统一规划，建成一个大公园，并要拆除岛上所有的私人别墅，但有 Wards Island 和 Algonquin Island 这两个岛上的居民拒绝搬迁，他们最终和政府签订了一个99 年的租赁协议，才得以居留至今。由于湖心岛居留权是一个极具争议的问题，岛上的居民组成了一个紧密的社区，向政府争取他们的权益。