事实上，这座城堡的确牵连了许多戏剧性的法国历史事件。当亨利二世意外去世，他的三个儿子先后登上王位，依次是弗朗索瓦二世、查理九世、亨利三世。弗朗索瓦二世16岁夭折后查理九世继位，此时，法国爆发的宗教战争正在升级，新教雨格诺派(Huguenots)向天主教和法国皇室发起的挑战取得了优势，于是查理九世暂时与他们修好，而其妹玛格丽特·瓦卢瓦(Marguerite de Valois，也称玛戈Margot)公主于1572年被安排嫁给波旁家族的纳瓦尔王储亨利·纳瓦尔(Henri de Navarre)，后者正是新教雨格诺派的领袖。正当雨格诺派的重要人物齐聚巴黎为领袖庆祝婚礼之时，查理和母后正在一旁密谋，他们让代表天主教派的吉斯公爵亨利(Henri, Duc De Guise)率军队突袭，将亨利·纳瓦尔软禁，并屠杀雨格诺教徒数以千计，当日正值圣巴托罗缪节，因此这一血腥的夜晚被称为“圣巴托罗缪惨案”。(实际上，查理九世一直活在母后卡特琳娜的阴影下，政治命运完全被掌控，24岁英年早逝。)
这次大屠杀之后，法国再次出现分崩离析的局面。雨格诺派在南部和西部组成联邦共和国，对抗中央政权。为缓解局面，亨利三世继位后于1576年5月签署了博利厄敕令，谴责圣巴托罗缪之夜的大屠杀，同意为死难者昭雪，并且准许除巴黎和王室住地外的一切法国城市都有权举行新教仪式，敕令还给予雨格诺教徒担任公职的权利。此举引起天主教派的强烈不满。同年，吉斯公爵亨利在北方组织“天主教神圣同盟”，自行征税、招募军队，要求恢复王国的宗教统一，拒绝执行敕令。势力日益壮大有自立为王之意的吉斯公爵亨利终于引来杀身之祸。在一次会晤中，吉斯公爵亨利刚走进国王亨利三世的住处，也就是布洛瓦城堡弗朗索瓦一世侧翼三楼的国王房间，就被奉亨利三世之命埋伏好的一群刺客包围，刺死在国王的床榻之下。
后来亨利三世与波旁家族的亨利·纳瓦尔有了合作，他们结盟攻击吉斯家族的剩余势力。但亨利三世在巴黎的一场战争中被刺而亡，他并无子嗣，而他的兄弟们也先后死于非命，这使得波旁家族的亨利·纳瓦尔意外继承了法国王位，成为了“三亨利之争”（国王亨利三世、吉斯公爵亨利、波旁家族亨利·纳瓦尔）笑到最后的人，也成为了波旁王朝的开 国之 君——亨利四世，而玛格丽特公主变身为法国王后，史称玛戈王后。
但在权力面前，人总是善变的，鉴于法国90%以上的人口都信仰天主教，亨利四世于1593年在圣德尼大教堂改信天主教。当然，他也不至于忘记他的过往，所以于1598年颁布南特敕令，给予了雨格诺教徒在法国全境信仰新教的自由和担任公职的权利。
