康熙三年（公元1664年）三月十六日，江南徽州府新安卫官生杨光先叩阍（官吏、百姓到朝廷诉冤之意），称汤若望的《新法》有重大缺陷。又指汤若望别有用心，在择选和硕荣亲王安葬日期误用“洪范五行”，山向、年月俱犯忌杀。由于历法历法深微，五行玄妙，虽经朝议，但不少人并不懂，所以“难以分辨足非”。最后，以汤若望只将《新历》推算到200年，而大清王朝上万年江山，拟将汤若望凌迟处死，“天佑皇上，历祚无疆，而汤若望止进二百年历，俱大不合。”同时，刻漏科杜如预、五品挈壶正杨宏量等多人，也都因此犯了死罪。

但后来汤若望幸免一死，被朝廷释放了。《清圣祖实录》记载，“汤若望系掌印之官，于选择事情不加详慎，辄尔准行，本当依拟处死，但念专司天文，选择非其所习，且效力多年，又复衰老，著免死。杜如预、杨宏量本当依拟处死，但念永陵、福陵、昭陵、孝陵风水皆伊等看定，曾经效力，亦著免死。”从这段文字上，露出了清孝陵堪舆上的天机。后来知道，这是杨光先的诬告陷害，是宫廷斗争的结果。

“选择非其所习”，言下之意汤若望不是正宗的风水先生。

虽然汤若望被免一死，但已过70高龄的汤若哪能经得起这场牢狱之灾，康熙五年（公元1666年）七月十五病死了。一个洋人，在传统的封建礼教盛行时代，能当了明清两朝的钦天监，还参与了福监吉壤的卜选、葬期推算，也算是一件奇迹了。而当时他是怎么参与的，外界仍知道不多，成了一个谜团。不过，洋风水先生参与中国帝王陵寑的选址，这应该是中国风水史上的一桩佳话了。