同时关于“九五”期间我国基础性研究的主要研究内容和课题布局，会议提出：(1)要重点发展新兴带头学科、交叉学科和应用基础学科。今后一段时期内，要优先发展生命科学、信息科学、能源科学、环境科学和材料科学。要重视交叉学科的发展，重视非线性动力学问题，超快过程，信息、能量传输过程，小尺度物质的性质，分子设计，复杂系统整体行为，物质世界的大统一等的研究。(2)攀登计划项目仍将坚持高标准、严要求、少而精的原则，重点加强单项投资强度，特别注意增加工程与技术科学领域的项目。正在实施中的攀登计划项目执行5年后，将根据国家的整体要求、科学发展趋势和项目的完成情况组织专家进行评议，以决定项目的延续、终结和调整。新上项目将在调查研究和广泛征求专家意见的基础上分期分批论证和实施。“九五”国家自然科学基金的重大项目总数将达到40多项，重点项目600～700项。(3)自选课题是基础性研究不可缺少的重要组成部分，各级科研管理部门对此应继续给予足够的重视和必要的支持。

然而学术腐败现象也屡见不鲜, 在1997年年初，国内主要媒体纷纷报道“水稻遗传信息之迷破解了”、“洪国藩解开了水稻遗传之迷”、“我国生命科学研究取得重大突破、洪国藩等在世界上首次成功构建水稻基因组物理全图”。就在这一年，洪国藩被评上了院士。中国每年要评一次十大科技新闻，1997年名列第一条的，就是洪国藩等在世界上首次成功构建水稻基因组物理全图。1999年评建国50周年科技成果大事，1997年唯一的一条是这一条。去年评中国科技百年回顾，1997年唯一的一条也是这一条。

但是实际上早在1997年，就已经有人揭发洪国藩弄虚作假了。揭发者就是曾经在洪国藩实验室实际领导水稻基因组研究的陶全洲，他当时在美国短期进修，给科学院领导写了一封揭发信，指出这张物理图谱靠不住，在数据处理上有问题。国内一些遗传学家也同意陶全洲的看法。美国一位研究水稻基因组的专家，Cornell大学的教授Susan McCouch也给有关方面写了一封信，指出洪的图有严重错误。做基因组物理图要用marker（标记）进行定位。洪国藩用的marker，一部分就是从McCouch实验室要来的，另一部分是从日本要来的。这虽然是两套marker，但是因为是来自同一物种基因组，用它们定位，应该有所重叠，McCouch实验室的结果也发现是有重叠的。但是McCouch却很惊讶地发现，在洪国藩的图谱中，这两套marker的定位却是完全分开的，因此她认为这是严重的错误。也可以说，洪国藩的图实际上是拼凑出来的。科学院搞了一个鉴定会，却认定洪的图是可靠的。当时在剑桥大学（洪国藩曾在剑桥工作过）的韩斌和三位在剑桥的留学生给科学院领导写了一封信，一面开口头支票声称欧洲方面因为洪的成果答应与中国合作研究水稻基因组，一面攻击陶全洲的揭发破坏了国内的学术环境，败坏了学术风气，阻碍了科学事业的发展，极大地挫伤了研究人员的积极性，并威胁说这种风气让留学生心寒，担心回国后可能会遭到类似的命运。这同样是打着爱国主义的招牌。这封信起的作用不小。洪国藩当上了院士，韩斌也回国到洪国藩实验室主持水稻基因组研究。