在《2006科学发展报告》中提出了与以往不同的三个新的主题:第一是关于科技自主创新思想的探讨。主要体现在报告的第一章“推动科技自主创新”，这是本报告的主旨思想。在这一章里全国人大副委员长、中国科学院院长路甬祥院士发表了题为“基础研究和战略高技术研究在自主创新中的作用”一文，深刻阐述了基础研究和战略高技术研究在提升国家自主创新能力中发挥着的基础与关键的作用。他指出，基础研究是新技术、新发明的先导；基础研究的重大突破，往往带来高技术的重大突破，从而带动新兴产业群的崛起，引发经济社会的重大变革；基础研究是培养科技人才的摇篮。战略高技术的突破，能够引领产业与技术发生跨越式发展和重大变革，它是一个国家科技创新能力和综合国力的集中体现，也是当今世界科技、经济和军事竞争的战略制高点。提出要推动基础研究和战略高技术发展，必须遵循科学技术的发展规律；必须加大对基础研究和战略高技术前沿的投入；必须坚持有所为有所不为；必须坚持以人为本等的论点。中国科协主席周光召院士发表了“自主创新，重点超越”的文章，从七个方面阐述了对“自主创新，重点跨越”问题的深刻见解。他指出，创新要由富于创造性和掌握知识的人来实现。因此培育国家、地方、部门和企业的自主创新能力最根本的措施是要以人为本。只有造就一批掌握知识又富于创造性的人才，形成创新团队，培育创新文化和环境，在强有力的领导下，团结奋斗，才能通过自主创新实现超越。原国家自然科学基金委员会主任、现北京市科协主席陈佳洱院士发表了“基础研究是自主创新的源头”一文，深入地阐述了基础研究的内涵、战略地位及发展态势，在客观地分析中国基础科学发展的现状和制约基础研究发展的主要问题的基础上，提出了关于我国基础研究发展战略的思考与建议。这一组文章表达了我国三位战略科学家对科技自主创新思想的真知灼见。