祁连山是古南祁连东段，又名南山,界青海与甘肃两省，是青藏高原东北部一个巨大的边缘山系，由几条平行排列的山岭和谷地组成，包括托来山、疏勒南山、大通山、冷龙岭等，长达1,000多公里，最宽处达250公里。山峰平均海拔4,500米以上，其中以疏勒南山峰为最高，海拔5,800米。崇山峻岭，高凌霄汉，海拔4,000米以上的山峰峰顶积雪终年不融。整个山系共有冰川3,306条，面积达2,062平方公里，储水量达1,320亿立方米，是河西走廊一带的主要水源。

祁连山谷地颇为宽广，有不少河流和湖泊，哈拉湖和中国最大的咸水湖—青海湖就在这些谷地内。宽谷和青海湖盆地海拔2,500-3,500米，湟水、黄河谷地较低，海拔2,000-3,000米。祁连山区属半干旱地带，每年降水量250-600毫米。全区内的山地草原和针叶树林交替分布，以青海云杉和祁连圆柏为主。草场有多种类型，适宜放牧绵羊、牦牛和马等，一向为山区牧民所重视。汉代大将军霍去病出临洮，过燕支山大破匈奴后，匈奴人哀歌叹息说，“亡我祁连山，使我六畜不蕃息；失我燕支山，使我嫁妇无颜色。”山腰间松柏茂密，青鹿、马鹿、猞猁、雪鸡、野驴、雪豹等动物出没其间。矿产资源也极丰富，有“万宝山”的美誉。从河西走廊望去，祁连山横互南面，像一列延绵不断的青色屏障。