技术进步主要反映在：首先是新材料领域，据悉近年来中国在新材料领域所取得的进步上，有2000多种是来自航天领域；其次是电信领域，这方面有硬件设备的进步，也有软件领域的进步，比如编码技术就确保了话音质量和图像的清晰度；第三是图像技术，这些技术可以用于军事领域，也可以用于民用领域；第四是特种食品，航天员的食品研制非常复杂；第五是特种纺织材料，航天服是一个系统，更是高科技的结晶；第六是电子控制系统的进步，飞船是涉及各种复杂子系统的复杂系统，所有系统均需要有电子控制系统进行控制；第七是生物医学体系的进步，载人航天与无人航天有本质上的差异，系统复杂性和可靠性大为不同，神舟六号的成功，表明中国的相关生物医学已经有了巨大的进步。

　　 神舟六号飞船仍为推进舱、返回舱、轨道舱的三舱结构，整船外形和结构与原来相同，重量基本保持在8吨左右。飞船入轨后先是在近地点200公里，远地点350公里的椭圆轨道上运行5圈，然后变轨到距地面343公里的圆形轨道，绕地球飞行一圈需要90分钟，飞行轨迹投射到地面上呈不断向东推移的正弦曲线。轨道特性与神舟五号相同。

由于此次飞行没有交会对接任务，神舟六号取消了用于这项功能的附加段，另外，飞船上新增加了40余台设备和6个软件，使飞船的设备达到600余台，软件82个，元器件10万余件。