滇池蓝藻大量繁殖，湖水如绿油漆一般。

据环保部门调查，滇池水体中的总磷、总氮、化学需氧量及有互有害物质等重要污染物的超标率，低的为50％，高的达80倍之多。而草海（滇池的内湖）中的致癌、致突变、致畸形的物质高达60种。滇池成为我国重点治理的“三大湖泊”之首。专家估计，照此速度下去，不用1000年，滇池将完全消亡。

滇池的污染源主要有三：一是工业企业造成的污染；二是来源于城镇居民的生活污水；三是农村生活污水、农田废水、农药化肥等随河流和雨水进入滇池后造成的面源污染。

据资料统计，滇池污染中总氮、总磷的含量来自农业面源污染的分别占到43．3％、37．1％；