清王朝还嫌不够彻底，1664年5月，称“时以迁民窃出鱼盐、恐其仍通海舶”下令再内迁30里。这一下，原来不在界外的顺德、番禺、南海及海阳居民也要内迁。 清官吏往往先定一界的两端，用绳拉直，作为定界，因此很多居民的房子，划界从中通过，便被迫要放弃房子的半间。界上掘深沟，以分内外，稍有跨越深沟，走出界外的，便是死罪。清廷派来的巡海使者来新会勘界，更以潮水涌至的河面定为划界的标准，以致“逼城为界，近廓腴田悉弃界外。”即今之新会环城、礼乐、江门郊区也列入迁徙范围，弄到迁民“扶老携幼，流离载道，行乞街市，露宿街道，往往饿死。” 　　

这两次迁界，涉及广东28个州县，进入到田庐连片、农工商业发达地区，被迁士民数百万，抛荒田地共531万多亩。 江门水南诗人黄居石，还写有《蓰村行》和《哀江门》记其事。 　　

《蓰村行》 　　

新朝防海不防边，威令雷行刻不延。

相传徙村诏昨下，居人犹疑未必然。

已报大人巡海上，力役征徭交鞅掌。

令尹仓皇出郊迎，牛酒猪羊忙馈饷。

犹恐菲薄慢王师，计田派饷日公议。

民力竭矣胥吏饱，岂无老弱死鞭苔？

惊看村前一旗立，迫于王令催徙急。

携妻负子出门行，旷野相对啜其泣。

孰无坟墓孰无居，故土一旦成丘圩。

此身播迁不自保，安望他乡复聚庐。

君不见咸阳三月火，顷刻烟尘起青琐。

不独眼前事可哀，国亡家破奚独我？

吁嗟谁绘郑侠图，流离载道天难呼。

回首昔年烟火地，青青草树暮啼乌。 　　　　　　

《哀江门》

江门一望堪痛哭，乱后徘徊江之曲。

日中江上不见人，草自青青波自绿。

忆从丙戌盗纵横，槲榭灰烬无颜色。

甲辰移海尽丘圩，古庙独存新市侧。

毁瓦颓墙塌道平，四顾萧条目空极。

数百年来杂沓场，惟有昏鸦啼山北。 　　

这些诗写来一字一血泪。可见当年清廷的“移界令”，给人民群众造成的苦难，是何等惨酷。

琼州府下属州县其时虽未令迁界，但也奉朝廷之命在沿海周环立界2700里，严禁士民外出，“鱼盐小径俱禁断不行”，于是各州县“商贾绝迹”。

广东辖境最南端是南海诸岛的曾母暗沙。南海诸岛由珊瑚礁形成的西沙群岛、东沙群岛、中沙群岛、南沙群岛等组成，大小岛屿和礁滩有200多个，其中西沙、东沙属于琼州府万州管辖。自唐宋以来，南海诸岛上凡有淡水的，就有广东渔民在上面生活。这里海洋资源丰富，有海龟、海参、牡蛎、玳瑁、大龙虾、海螺和众多鱼类，渔民们一方面从事捕捞，一方面种植椰子树、香蕉、木瓜等农作物以维持生计。“禁海令”下达后，他们虽然未被强迁，但是沿海周环立界，“商贾绝迹”，连鱼盐小径都不通了，这些世居南海诸岛的渔民们，再也无法以海产品和农产品来交换粮食、布匹、针线和铁钉、农具等生产生活必需品，只得被迫放弃家园内迁。至今，东沙、南沙群岛还保存着他们留下的珊瑚庙宇、房屋、水井、坟茔等。当时，南海诸岛成了渺无人烟之地，满目荒凉。