1866年巴西换掉了陆军元帅米特尔，由加西亚接任。在他接任时，巴西军队在8个月内仅仅前进了15英里。加西亚没有急于进攻，而是用了8个月做攻击的准备，同时也让海军方面下决心把最昂贵的舰艇调来专对付巴拉圭人的水雷和岸上的炮火。他精心地布置了一个计划，通过向东大迂回绕过了巴拉圭人的防御工事。1868年5月，他终于完成了对巴拉圭人的核心要塞虎美塔的包围。洛佩斯不得已率领大部队突破重围，仅留下很少但却是最英勇的战士守城。靠着每天不停地炮击，联军终于在3个月后攻陷了这个要塞。7月，盟军占领了重要的马迈塔防御基地，损失惨重的洛佩斯退缩到亚松森以南的比列塔，以组织保卫首都的最后一条防线。但是加西亚巧妙地通过巴拉圭河上的一处无人区，将部队带到巴拉圭人的后方，在巴拉圭河西岸的查科登陆，修筑了一条包围比列塔阵地两翼的道路，然后进行了围攻。

1868年10月1日，4艘巴西铁甲舰突破还掌握在巴拉圭军手中的安戈斯图拉炮台。1个月后，和其他几艘炮舰顺利在比列塔外的会师。12月5日，它们占领了通向巴拉圭防线的一条小河上的一座桥梁。经过几次决定性的战斗后，巴拉圭军队人数从8000降到3000。盟军对洛佩斯的司令部发起了最后的攻击，经过7天的战斗，巴拉圭军队被重创，巴拉圭首都亚松森陷落，加西亚急忙建立一个傀儡政府，接着宣布战争终于结束，他随即告老还乡。

但是洛佩斯仍然率领着他的1.3万人继续打游击，他仍然斗志旺盛，他的游击战经常在亚松森城外把巴西军队的阵地搅得一塌糊涂。不过他的兵力越来越成问题，连8岁的孩子也戴上假胡须跟成年人一起作战。

巴西人开始了14个月的清剿，洛佩斯被迫撤退到巴拉圭东北部山区。在这里他陷入了走投无路的境地，他怀疑很多人在出卖他，开始处决他最亲密的追随者。1870年在2月底在亚松森北面200余公里的阿基达班河岸他被包围了，但他拒绝投降，还下令将他的母亲和姐妹也处决掉。两天以后的3月1日他被巴西军队俘获随即被巴西军用大刀将他砍死，乱葬在丛林中。

结果

巴拉圭战争是南美历史上规模最大、最惨烈的一次战争。巴拉圭不但是赔了夫人又折兵，还差点亡国灭种。正如我上面比较地图时候说的那样，巴西和阿根廷通过这次战争瓜分了巴拉圭约14万平方公里国土，而巴拉圭不仅失去了大片国土，其人口也从战前的52万多减少到不足21万，其中成年男子不到2.8万，同时巴拉圭还向巴西和阿根廷支付了巨额赔款约680万美元，相当于战前巴拉圭6年的国民生产总值，战后的巴拉圭，满目疮痍，土地荒废，在相当长的一段时间内，各种生产活动均由妇女承担，社会经济长期无法恢复。还使得巴拉圭70％的国土包括最富庶的地区被三国联盟军队长期军事管制。1876年，阿根廷和乌拉圭联手排挤巴西，巴西的军事力量才撤出乌拉圭，而阿根廷直到1890年才最后完成撤出巴拉圭占领区的军事行动。当然，三国同盟也付出了巨大代价，在战争中死伤士兵19万人。这是人类历史上一场史无前例的惨烈战争。