战争第二阶段：

1865年10月，苦于巴拉圭军队陷入科连特斯泥潭，洛佩斯开始部署撤出科连特斯，以及在本土准备防御战。1866年4月16日，盟军发起全面反攻，在收复阿根廷的科连特斯省后，进入巴拉圭。在巴拉那河和乌拉圭河汇合处的一片湖泊里，三国同盟以巴西舰队为主力，动用了16艘当时最先进的钢铁炮舰，加上70多艘木质战舰对付巴拉圭的木质军舰，这场美洲最大的海军会战以巴拉圭方面几乎全军覆没告结束。4月17日，洛佩斯派出了一支3000人的队伍突袭了奥索里奥和弗洛雷斯率领的由1.5万人组成的阿根廷军队，尽管瓜尼拉人勇猛而又顽强，给予阿根廷人沉重的打击，但由后备兵组成的巴军在经验和训练方面都不是经过残酷血战的阿根廷老兵的对手，加上人数上的不占优势，仍遭到惨败。5月2日，洛佩斯又组织6000人对前进到帕特里亚小道的盟军发动攻击。两战，巴拉圭方面损失了2500~3000人。5月20日，3国同盟军沿帕特里亚小道向巴拉圭腹地进攻，洛佩斯率部退到河畔的虎美塔(humaita)要塞，凭借地势抵抗联军的进攻。1866年5月24日洛佩斯在图尤蒂(tuyuti)发起了一连串的反击，巴拉圭方面在搜刮国内可以作战的兵源候，几乎倾全国之兵发动反攻，以2万人的巴拉圭部队，攻击3.2万人的联军，妄图将三国同盟军赶出巴拉圭。在巴拉那河畔，双方的阵亡至少都达到了18000人以上。成为南美及美洲大陆上最惨烈的战斗。历史学家称在这场战争中：双方用尽最大的想像力，使战争的惨烈程度达到极限。

根据洛佩斯的命令，巴里奥斯将军率7000步兵和1000骑兵对左线的巴西军，何塞.迪亚斯上校率领的4000步兵居中，雷斯金将军带兵8000对付右翼的阿根廷军，11时30分，巴拉圭军开始进攻。右翼雷金斯部的进攻由于出其不意而大获成功。但由于缺乏后援，战局发生逆转，阿根廷军在顶住巴拉圭军初期的猛攻后，在后方源源不断的支援下，开始扭转局面。巴里奥斯对巴西军的进攻十分勇猛，但一时却难以分胜负，但也因缺乏后援而最后失败。下午2时，战斗基本结束。巴拉圭方面此役阵亡5000人，350人被俘，8000人受伤，也就是说，参加战斗的不到2万人中，伤亡总数达1.335万人。同盟军方面伤亡3913人。图尤蒂战役可以说是整个巴拉圭战争的转折点，因为他使洛佩斯丧失了挽救巴拉圭败局的机会，巴拉圭军队主力尽失，再也无力组织有力的抵抗。马斯特曼写到：“图尤蒂战役可以说是灭绝了巴拉圭的西班牙种族后裔，在队伍前列的士兵是这个国家所有上等家族的男子，它们几乎全部阵亡；许多家族，特别在首都，没有留下一个丈夫、父亲、儿子或者兄弟。被留在亚松森的所有男子，包括老人、印第安人、奴隶、和少年现在全部被编入国家军队稀疏的行列中。”