洪武二十五年（1392），方孝孺再次因朝中大臣的推荐，受到朱元璋的召见。这次朱元璋还是说：“现在不是用方孝孺的时候。”最后，朱元璋碍于朝中大臣的多次举荐，就授方孝孺一个汉中府学教授的职位。这只是个刚入流的从九品学官。以方孝孺的才学和人品，授予他这样的职位，可见在朱元璋的心里，此时还真没到方孝孺施展才华的时候，但方孝孺已经三十六岁了。次年正月刚过，方孝孺就携带家眷踏上旅程，前往汉中赴任。当时汉中的自然环境非常恶劣，史载“水土暴恶”，但方孝孺毫不为意，坚持跟学生每天讲课讨论。方孝孺的讲学在当地产生了很大的影响。

朱元璋死后，年仅二十二岁的皇太孙朱允炆按照朱元璋生前的安排顺利登上皇位，成为大明王朝的第二位皇帝。他很早就听说方孝孺的贤名，便一纸诏书将方孝孺召入京来。方孝孺多年的等待终成正果，终于等来了他人生中最辉煌的时刻。

　　此时的方孝孺豪情万丈，踌躇满志。方孝孺到京后被授为翰林侍讲，次年迁侍讲学士，虽然品级并不高，但是他已成为建文帝的近臣。无论是讨论国家大事，还是为建文帝读书释疑，他都是建文帝身边不可缺少的人之一。方孝孺的才学终于有了用武之地，修《太祖实录》、《类要》等书，他都被任命为总裁。皇帝的信任和尊重，让方孝孺心怀感激，他忠心辅佐年轻的新皇帝推行仁政。建文帝自幼生长于宫廷，受到传统儒家教育，在如何治理国家的问题上，他与太祖朱元璋持不同见解，首先就是改变朱元璋事必躬亲的做法，适当地放权给大臣们，而且他还注意听从大臣们的意见，朝中上下由此形成一种比较宽松的氛围。建文帝以仁义礼治为主要指导思想所采取的一系列变革，后来被史家称为“建文新政”。

　　建文新政中最重要的内容就是宽刑狱。建文帝推行“宽仁”之政，而方孝孺提出的“以德为主，以法辅之”的德治思想与建文帝的执政原则不谋而合。在方孝孺的参与下，建文帝平反了一大批冤假错案。建文帝宽刑狱取得最直接的成果就是全国的囚犯人数比往年减少了三分之二。

　　裁并州县，精简机构，更定官制，这也是建文新政的一个内容，而且历时比较长，直到建文四年（1402）还在持续。建文帝在经济方面也有所举措，一是减轻江浙地区的沉重赋税，二是准备推行井田制。方孝孺认为实行井田制可以抑制土地兼并，有利于社会的稳定。但是限于条件，井田制最后并没有真正实行。建文新政实行几年之后，取得了很好的成效，社会风气明显好转，而且赢得了民心，年轻的皇帝得到了百姓们的支持。

　　建文新政中还有一个主要内容，就是削藩。各地诸王拥兵自重的局面，让建文帝深感不安。方孝孺虽然不是削藩的主事者，但他也是削藩的有力支持者之一。