前面已经说了轩辕是一个善于思考非常睿智的男人，他在打仗的同时对医药也有很深的研究。现在流传的《黄帝内经》就是在他的中医药著作《祝由科》的基础上形成的，他的这本著作也是人类史上的第一本中医药著作。为什么他打仗不好好打却又干起了医药这份有前途的职业呢？原因是这样子的：轩辕时期人们生活在非常艰苦的环境之下，人们不但吃不饱穿不暖，而且还经常被野兽追着跑，同时因为对水和火的控制还没有掌握好，经常在烤肉的时候烤到自己，在浇田的时候演到自己。因为没有医药，感冒感死的，发炎发死的，流鼻血流死的更是不计其数。天生厚道的轩辕对这种情况非常的痛心，可却苦无对策。有一天他带着一队人马去树林子里面狩猎，有一只大老虎忽然向他扑将过来，他立刻拉弓射箭，因为说时迟那时快，老虎实在没有给他瞄准的时间，他这一箭只射中了老虎的皮毛，受伤的老虎背上插着一根箭逃遁而去。若干天之后有人在树林子里面发现了那只老虎，只见那只老虎边走边吃草，而且还只吃一种长叶的草。

"老虎开始吃草了，这是不是一个吉祥的征兆呢？是不是代表着轩辕的仁义连动物都给感化了呢？"

这个人立刻跑回去向轩辕汇报了这件事情。经过他们的观察发现那只老虎背上的伤愈合的非常快，轩辕命人将那种草药采了回来，给受伤流血的人吃，血就立刻不流了。这件事情启发了轩辕，在那之后他们通过打断熊的后腿放生，找到了治疗损伤筋骨的药；将野猪放在火跟前烤一阵然后用凉水泼它使之感冒，然后放生，找到了治疗感冒的药；给恐龙服用泻药之后放生，找到了治疗窜稀的药；给狼天天好吃的不让它运动肥胖到无以复加之后放生，找到了减肥的药……经过长时间的积累终于写成了《祝由科》。

搞定炎帝之后蚩尤就开始做乱了。轩辕明白一打仗就不免会有死伤，自始至终他都希望能和蚩尤和解，可蚩尤偏偏就是喜欢吃罚酒，于是轩辕带着兵马前去征讨蚩尤。首先他派出的是名叫应龙的大将，这个应龙可不简单他不但会飞而且有吐不完的口水。他一上阵就跳到半空中开始吐口水，顿时波涛汹涌，口水大浪向蚩尤扑将过去。蚩尤派了风伯雨师两个上阵，他们一个弄起了一阵大风，一个收集了应龙的口水，将狂风暴雨向轩辕大军打过去。应龙大呼一声："完了，我只会喷水，不会收水耶！"轩辕大军大败而归。