1290年，盖拉温去世，子艾什赖弗继位（1290—1293年），继续进攻十字军。此时十字军要地唯阿卡一城。以弩炮九十二攻阿卡壁垒，1291年5月陷之，对圣殿骑士团许以不杀，终屠之。其后十字军所余诸城提尔、西顿、贝鲁特、安塔尔突斯和阿斯里斯，数月内均降，十字军战争遂告结束。

　　1293年，艾什赖弗死，弟纳绥尔九岁继位（其在位三次：1293—1294年，1298—1308年，1309—1340年）。1299年，伊儿汗国第七位大汗合赞汗·麦哈茂德以十万军来伐，12月23日败埃及军队于希姆斯。1300年年初大马士革陷，洗劫叙利亚北部其余的城市。3月，蒙古军退，埃及人重新占领了叙利亚全境。三年之后合赞汗又来攻，败于大马士革南边的素斐尔草原。此后伊尔汗国不再来进攻。

　　蒙古人从大马士革撤出后不久，纳绥尔开始迫害黎巴嫩德鲁兹人，因为德鲁兹人曾经袭击埃及撤退中的军队。北部黎巴嫩的马龙派基督教徒被消灭殆尽。1302年起，屡次进攻亚美尼亚（今土耳其东南）。

　　纳绥尔极奢侈，虽然有公共设施的修建和工艺发展，然而赋税沉重。他去世之后，国内发生了内战、饥荒和瘟疫。1348年到1349年蹂躏欧洲的“黑死病”，曾在埃及持续七年，死人无算。

　　纳绥尔死后，盖拉温家族的世系延续到1390年。其后马木留克素丹主要是塞加西亚人。这些素丹多数不是世袭，且多数贪婪暴虐。此时赋税沉重，对基督徒和犹太人的迫害加剧。埃及-叙利亚进入最黑暗时期。到王朝晚期，1498年，葡萄牙人达迦玛发现了绕道好望角的新航道。此后印度洋的穆斯林船只经常遭受葡萄牙和其他欧洲舰队的攻击，香料贸易也逐渐不经过叙利亚和埃及。马木留克王朝失去了国家岁入的一个主要来源，而且埃及和叙利亚的地理地位也降低了。

　　1390年，塞加西亚人贝尔孤格废纳绥尔的重孙撒列哈·哈只·伊本·舍耳班（1381—1382年，1389—1390年两度在位），篡位。当其末年（1399年），处死帖木儿派遣的亲善使团。次年，法赖吉在位，帖木儿袭击叙利亚北部，大掠阿勒颇城三天。以居民二万多人头骨筑成小山，高十骨尺，周围二十骨尺，脸面一律向外。许多学校和清真寺被夷为平地。埃及军队先头部队被击溃。1401年2月，大马士革陷。此城劫掠之际，火灾爆发。帖木儿强迫伊斯兰教的宗教学者们发表声明，承认他的行为合乎教律。倭马亚清真寺被焚毁。学者和工匠被掳到帖木儿首都撒马尔罕。

　　1422—1438年，白尔斯贝在位，瘟疫再次流行，白尔斯贝认为是人民作恶多端，招致天谴，下令禁止妇女走出门外，命令基督教徒和犹太教徒缴纳新的苛捐杂税，以赎罪戾。他还下令把非穆斯林的公务人员一律开除，而且要他们穿上特殊服装。白尔斯贝为消灭海盗，于1424—1426年攻占塞浦路斯岛，俘基督教国王贾纳斯。经过威尼斯领事调停，贾纳斯以二十万第纳尔赎金重登宝座，且保证以后每年缴纳两万第纳尔的贡税。