苏联入侵后，十几支穆斯林爱国武装在喀布尔市郊、坎大哈、赫拉特和全国的山区要塞展开了抗苏斗争。1981年，其中的几个抵抗组织联合成立了阿富汗圣战者伊斯兰联盟，并开始接受美国、巴基斯坦、沙特阿拉伯和埃及等国的军事援助及训练。当时，从巴基斯坦招募来的士兵以及美国提供的金钱和武器，由巴基斯坦情报局专门下辖的“办公室”，组织分配给圣战组织各派系。当时，拉丹就是“办公室”的三名主管之一，后来还一度担任过“办公室”的全权负责人。中央情报局官员哈特克曾说过这样一段意味深长的话：“拉丹在苏联倒台的问题上扮演了十分重要的角色”。

在阿富汗战争期间，至少有10万名伊斯兰战士被征召到巴基斯坦（其中有6万名不必从事过战斗便可入读巴基斯坦的原教旨主义学校）。根据英国《独立报》1998年11月的一篇报道，1993年纽约世贸中心爆炸案和1998年美国驻肯尼亚及坦桑尼亚大使馆爆炸案的几名主要案犯，就是阿富汗战争期间在拉丹的营地中进行过训练的。拉丹营地中的这些受训人员，是美国人直接从流亡国外的阿富汗难民中招募，经过简单军事训练后，由美军协助送到阿富汗。该计划在美国人的秘密档案中代号为“旋风行动”。

1989年2月15日，苏联从阿富汗撤出了最后一批武装部队。听到这个消息后，中情局内部一片欢腾。局长韦伯斯特在自己的办公室举行了一次庆祝会，参与阿富汗秘密战争的官员应邀参加。韦伯斯特在祝酒时说，苏联在阿富汗的失败标志着中情局10年隐蔽行动的胜利。美国打赢了冷战期间美苏最后一场秘密战争。但美国人万万没有想到，他们扶植起来的反苏势力竟成为塔利班和“基地”组织的骨干。历史就是这样具有讽刺意味。