日、台军事合作由秘密转向公开，重点突出情报搜集。今年7月，日本防卫省以“其他国家都派现退役武官驻台，只有日本没有”为由，研究决定派现役自卫队官员驻台湾。此举表明，日台军事合作开始由后台走到前台、由秘密转向公开。日台双方的军事情报合作有着共同的战略利益。对日本来说，台海有事，其赖以生存的海上交通线将会受到严重威胁。因此，日本极其关心台海局势；对台湾当局而，日本是除美国之外，另外一个可以直接依赖的帮助其抗衡大陆的靠山，所以台湾当局专门制订“明德”计划，为驻美、日的间谍提供费用，用于拉拢美日政客、搜集重要情报。现实看，日台情报合作主要以美日台三方情报合作为大背景，而未来随着日本、台湾相继引进美制“爱国者”导弹拦截系统，在共享情报和弹道导弹防御系统日常维护方面，美日台将形成事实上的安全网络和准军事同盟关系。目前，台军参谋本部与日军参联会建立了秘密联络热线，遇到重大突发情况可即时联络；另外，台军参谋本部情报机构与日本外务省、防卫省情报部门之间也建有定期交流机制。交流的内容既包括国际形势等战略情报，也包括双方军事行动互通，以及大陆异常军事活动的查证比对等，标准是使来自中国方面的紧急情报信息由“定期交流”转变为“实时提供”。同时，台军目前的兵棋推演系统——“联合战区阶层模拟系统”(JTLS)，也是2003年从美国引进的，与美国、日本和其它十几个北约国家现在使用的系统一样，可模拟最多十几个阵营的联合作战行动，模拟各种战争状况，效果相当接近实战演练。该套兵棋推演系统能够与美军太平洋总部联机，并通过该总部与日本、韩国及各地美军通联，构架起以美国太平洋司令部为主机，下与日本、韩国及美国太平洋地区驻军和其他各地驻军等分机相连接的、网络化的演练体系，使美太平洋总部远在千里之外就能够掌握全局。JTIDS不仅是美军及其北约主要盟国的现役装备，也装备了日本自卫队。因此“博胜”计划完成后，台军不仅将实现自己内部指控机制的整合，还将建立起与美军、北约和日本自卫队的战术信息交流界面。未来台海一旦有事，美、日的飞机、舰艇和侦察监视设施都能为台军方的耳目，险恶用心昭然若揭。

宣称两岸军事日益失衡，台欲参与美日反导计划。今年6月，“台湾驻美代表”吴钊燮在接受日本共同社专访时声称，鉴于大陆日益扩充军备，台海两岸的军事平衡逐渐向大陆倾斜，台湾方面希望将来能参与美国和日本正在联合研发和部署的导弹防御系统计划。吴钊燮称，虽然台湾了解到，要参加美日这一导弹防御计划在现实上仍有困难，但盼望未来有朝一日能够参加。吴钊燮是于今年4月中旬被派驻美国的，他是第一位有“台独”色彩的执政党民进党背景的“驻美代表”，与陈水扁相当亲近。因此，可以断定此言绝不是空穴来风。