本作将活用NDS主机的机能，游戏画面通过NDS 的上下两屏幕表示，剧本也将由2部分组成，这也是本作叫做“W（double）”的原因。游戏中玩家即可以使用触控笔来操作，也可以使用十字键+按键的方式操作，而游戏的系统将基本沿袭《超级机器人大战J》的系统。

NDS版的画面比起GBA版有了长足的进步，画面颜色鲜艳了很多，各种机体和爆炸效果的色彩十分到位，甚至有种让人刺眼的感觉。机体和人物的刻画很细腻，动画也丰富了不少。不过，有些遗憾的是战斗背景仍是比较单调。比较体贴的是，战斗时按B键可以关闭动画，节省了时间。

本作的系统与《超级机器人大战J》差不多。玩家需要通过赚钱来对机体进行改造，增加HP、EN等各种数值。将敌机击毁后，可以获得经验值，利用获得的点数可以增加角色的能力，像格斗、防御等等，培养个性的角色。援护系统被保留下来，敌机进攻时，如果附近有自己的机体，就可以形成联合体进行防御，降低损耗数值。

五.燃烧吧！热血旋律魂应援团2