实际上，明朝对祖陵的看护一直非常严格，有非常慎密而又严厉的保护制度。常年派有兵士把守，多时达200人。还设有祭户、铺排户、厨户、屠户、酒户、窑匠户等祖陵户。目的就是为了保护祖陵的风水不被破坏，龙脉永存，国运永兴。这个制度，从朱元璋在世就开始执行了。但后来，由于王朝威信的不断下降、加上天灾人祸，祖陵的龙脉受到严重威胁，山民不时去附近的地方开山采石，在“太岁头上动土”，甚者有人欲沾王气，在朱家龙脉范围内葬祖坟。《英宗实录》记载：“天顺三年（公元1459年）六月，南京祠祭署祀朱镛言：盱眙第一诸山，虽隔淮河，然朝拱祖陵。纵民伐石立窑，恐残地脉，亦不容对山以葬。上命中都留守司究其，已对葬者，迁之；填塞其伐石立窑之处，仍命都察院揭榜禁约。”从朱镛的话里，可以知道祖陵当时的守护出了麻烦。

到最后，女真人（后来的满人）建立的后金政权在东北兴起，对大明王朝构成了直接威胁，形势已十分糟糕。明朝廷一方面派人去破坏北京九龙山下的金祖陵，掘断其龙脉，希望通过风水来阻止后金（大清）另一方面加紧对孝陵、皇陵、祖陵等在南方先祖陵寑的保护，防止王气外泄，龙脉受损。