明英宗朱祁镇当政时期（公元1435-1449年，当年瓦剌南侵，朱祁镇亲征败于土木堡被俘，弟弟朱祁钰称帝，景泰八年，公元1457年复辟，再当政至1464年）起，明祖陵开始受到洪水威胁。到明晚期，水患更为严重，神宗朱翊钧（见前文《明神宗朱翊钧棺椁打开后发现的天大秘密》）当政的万历八年，淮河再泛大水，祖陵即被水淹。明人曾惟诚等纂修的《帝乡记略》记载了当年的情况，“下马桥水深八寸、旧陵嘴（传说是朱初一实际下葬处，即老道士所说的风水宝地）水深丈余，淹枯松柏六百余株”。虽然高筑堤，疏水道，但由于祖陵所处淮水边上、地势低洼的天然缺陷，水患根本无法根治。

终于，清康熙十九年（公元1680年）黄河夺淮，黄淮两水并涨，酿成灾难。不只明祖陵消失了，整个泗州城也被淹没了，这就是史上有名的“水漫泗州城”。此后，明祖陵躺在水下近三百年一直无人知晓，直到“文革”期间的1963年大旱，部分建筑露出水面，明祖陵这才重新被发现。1976年当地文管部门进行修复，目前成了苏北一景！此地原叫仁和集，因境内有明祖陵而出名，现在干脆易名为明祖陵镇。

在今天看来，朱初一葬风水宝地和灵异传说，无疑系无稽之谈。但有一个现象，或者说谜团，也应该注意一下：在明祖陵开始遭水患之后，大明王朝确实从此进入了多事之秋。特别是北方边境战事吃紧，瓦剌老是前来骚扰，再到后来的李自成起义、清军入关，似乎祖陵饱受水患的时间，与大明王朝的灭亡时间，一对曲线呈平行态势发展，国势亦如风雨之中的祖陵一般飘摇，这也许仅是一种巧合，但不由人不去联想。过去人认为，甚至包括尚书级别重臣在内都忧心，大明国运受阻与明祖陵受淹一体关联，看来此并非闲来无事之语，也非别有用心的江湖瞎话。

正统十四年（公元1449年），赴北亲征的朱祁镇竟然在土木堡被也先率领的瓦剌兵士生俘，成了中国帝王中最丢脸的一个人，真龙天子的不败之身神话被戳破了，国运就此逆转。《明史·英宗前纪》是这样记述的，“······侍郎丁铉、王永和，副都御史邓棨等，皆死，帝北狩。”“北狩”，即北去打猎，系文人给朱祁镇要面子的说法。但“狩”，除了打猎的意思，还有“捉住”一解。史家用此词乃一语双关，不可谓不妙，一代帝王竟然被“狩”，不可谓不是奇耻大辱。当时有朝臣议论，这可能与祖陵龙脉受水患威胁、风水不时受到当地人开山放炮、取土葬坟的干扰有关。为此，大明王朝多次下旨，加大对祖陵的保卫和修护力度，增出相关禁令。