靖康元年，开封城内老百姓自发攻击宦官，“杀之者不可胜数”，宋钦宗弹压不住局面，先后处死了童贯、梁师成等气焰滔天的宦官以平息民愤。南宋建立后，一时俱为草创，宦官的人数大为减少，但也发生了两宋时期罕见的政变，即“苗刘政变”，又称“明受政变”。

御营前军统制苗傅和副统制刘正彦随着高宗东躲西逃，早就窝了一肚子的腹诽，还要陪着笑看那些皮肤白皙，体态臃肿的宦官们射鸭，最主要“美官”老没自己的份。随后在钱塘观潮那天，两人看到那些宦官的帐篷都列在了贵宾席，最终按捺不住邪火，各领着兵爆发了。他们效法了一回三国的袁本初，围住了皇宫，“凡无须者皆杀之”，杀得仅留下了15非常有福气的宦官，其数量之少，在历史中罕见。

苗、刘还要求高宗退位，太子即位，同时请求隆祐太后垂帘。苗、刘最后虽然失败了，但得到了当时社会士大夫和百姓的同情，时任江淮两浙制置使兼知建康府的吕颐浩就喜气洋洋的上疏说：“近闻将相大臣剿戮内侍，诚可快天下之心，抒臣民忿怒之气！”（建炎以来系年要录 卷21）南宋宦官一度消沉颓废，权势大减，此次“苗刘政变”的影响不可小觑。另外一个原因是南宋权臣太多，历史中往往是有权臣，宦官的势力就会大减，南宋先后产生了秦桧、韩侂胄、史弥远、贾似道四大权臣，权臣们虽然口碑不佳，但对于宦官，一般是钳制又钳制的，如韩侂胄和宦官王德谦的PK，贾似道上台就把南宋最著名的宦官董宋臣逐出了朝廷等。

宋朝的宦官机构有两个，建国初是叫内班院和内中高品班院，太宗淳化五年改叫黄门院和入内黄门班院，真宗景德三年再改名教内侍省和入内内侍省，从此遂为定制。内侍省号“前省”，别称是“南班”，入内内侍省在当时一般省略为“入内省”，号“后省”，别称是“北司”。直到南宋绍兴三十年，因宦官人数太少，又没有权势，是以撤销了内侍省，合并于入内内侍省。

内侍省是袭承唐制，真宗景德三年，设置改为左右班都都知、左班都知、右班都知、左班副都知、右班副都知。其属官有内东头供奉官、内西头供奉官、内侍殿头、内侍高品、内侍高班、内侍肓门六等。凡是内侍开始统一称呼为“小黄门”，有功迁补后称“内侍黄门”，如果犯了错误被贬为洒扫院子。入内内侍省则设置都都知、都知、副都知、押班、内东头供奉官、内西头供奉官、内侍殿头、内侍高品、内侍高班、内侍黄门。

两省的直属机构分别有：御药院，这是一个冷衙门，而且还具有一定的危险性，因为凡是药品都要先由御药院的宦官们先试过一遍之后再能进入到宫内。

内东门司，这个衙门则是许多宦官们梦寐以求的地方，该司掌管着宫内人和物的出入，各房各库调动宝货要在这里登记数量和价值，所有贡品和买进的物品也都要在该司登记留底，皇亲国戚的福利由该司负责颁发，还负责宫内修造和举办宴会等事情。