戴维·雷尔曼及斯坦福大学的同事对肠进行了首次全面调查，他们在3个健康人的肠里数出了395种以后就放弃了。要真正查清的话，几乎肯定有数千种。但奇怪的是，与微生物的这种伙伴关系并不是随我们生命的开始而开始的。胎儿在无菌的羊水中生长，但是这种隔绝状态随着出生而结束。微生物沾到婴儿的皮肤上，有的进入嘴里。最初婴儿体内的微生物群体像母亲的，以后逐渐形成自己的特点，最终肠内的微生物群体就像指纹一样独一无二。

　　肠由小肠和大肠组成，肠的面积很大，将肠壁千百万个像指头那样的凸出部分拉平，可以覆盖一个网球场。吃下去的食品在小肠内分解成单糖、脂肪和氨基酸，这些物质小得可以穿透肠壁，进入附近的血管。水果、蔬菜和谷物里的纤维以及其它无法消化的物质则原封不动地进入大肠。消化不了的东西是肠内微生物的丰盛大餐。结肠里黑暗、湿润、无氧，是微生物将从小肠过来的不可消化的物质发酵并生产单糖和短链游离脂肪酸所需要的条件。它们这样做是为了自己，但也把这些能量丰富的物质与我们人类分享。有些人每天需要的热量高达10%来自肠道细菌生产的物质。