2、中国传统建筑环境规划理论与方法
中国传统建筑最优秀的特色之一就是自然亲和，就是在规划设计中将建筑和自然地理、气候等因素融合为一体，创造出养身、养目、养心、遂生的生活环境。程建军教授认为这是中国建筑宝贵财富之一，是可以学以致用发扬光大的学问，所以对中国古建筑环境观做了系统的研究，尤其是对传统堪舆风水学做了深入探索，早在1986年就于《南方建筑》杂志发表了“风水学初探”的论文，提出了对风水的认识和应关注对其研究，这是我国改革开放以来，较早的正式发表的有关风水方面的论文。随后于1990年出版了《风水与建筑》、《中国风水罗盘》等专著。本书认为对传统风水学应该本着科学的态度，去伪存真，批判糟粕，发扬精华，古为今用。尤其是对继承发扬中国人处理天道、地道与建筑的关系方面应有作为。
3、历史建筑保护修缮理论与技术与传统建筑设计研究
文化遗产保存与利用是世界各国普遍关注的大事，对于文化的传承有着重要的意义。程建军教授在该领域不仅有着深厚的理论研究，还有主持了超过60余项文物建筑保护修缮工程，其中国家级文保单位10余项，具有丰富的工程实践经验，成为华南地区著名的历史建筑保护修缮专家，对岭南历史建筑的保护与修缮造诣尤深，曾获得1995年广州市文物保护先进个人奖。早在上世纪80年代中对历史建筑的保护与修缮理论就作了系统研究，先后发表了“古代社会建筑修建的理论与实践”、“文物古建筑的概念与价值评定”、“文物古建筑修建概念及技术原则”等历史建筑保护修缮理论方面的系列文章，在学术上提出了独到的见解，认为针对中国木构架体系的建筑应有适合自己的保护修缮理论与技术方法，这对建立具有中国特色的历史建筑保存与修缮具有积极的引导作用。除此之外，程建军教授主持华南理工大学建筑学院建筑文化遗产保护设计研究所，承担了大量科研项目和历史建筑保护与修缮理论、设计方法与技术方面的研究。
4、岭南古代建筑的研究
华南理工大学地处岭南，早在上个世纪50年代开始，在龙庆忠教授为代表的一批学者就开始对岭南传统建筑的研究，积累了大量一手资料，并取得了许多研究成果。程建军十分关注该地域传统建筑的研究和本院校的学术研究特色的传承，并有计划地对岭南传统建筑进行系统地研究，发表了“广府地区殿堂建筑构架特征研究”、“潮汕福佬殿堂建筑体系研究”、“南海神庙头门、仪门复廊建筑价值研究”、“岭南古建筑脊饰研究”等系列文章。他在二十多年间调查了岭南地区内外的数十座大木大式建筑，行程万余公里，特别针对广东域内的大式建筑进行了广泛而深入的调查，在收集、测绘大量图纸，查阅许多文献的基础上，对其进行了系统的梳理和深入分析，以期能作些深入而系统的研究，并期望找寻出一些规律性的东西，为今天岭南古建筑乃至中国古建筑的研究、保护、修缮和设计提供一本可供参考的资料。并于2002年出版专著《岭南古代大式殿堂建筑构架研究》，对岭南传统建筑的研究作出了一定贡献。
