1987年，程建军获得华南理工大学建筑历史与理论专业工学硕士学位，研究方向为古建筑保护修缮学，师从著名古建筑学家龙庆忠教授，是国内较早从事该专业的研究生，毕业论文题目为“广州南海神庙修缮研究——兼论南北方古建筑技术的异同”。同年留校任教，1991年破格晋升副教授。1997年获华南理工大学建筑历史与理论专业工学博士学位，师从陆元鼎教授，博士论文为“岭南古代大式殿堂大木作构架研究”。2000年晋升教授，2001年评为博士导师。他多次被邀至澳大利亚、意大利、英国和香港等国家和地区讲学。他长期从事建筑历史和理论领域的教学和科研工作。主讲本科生“中国建筑史”和“古代建筑设计与修缮”课程和研究生“中国建筑与文化”、“古建筑保护与修缮”等课程。其授课学生评价为“学识渊博，风趣幽默”，深受学生好评与喜爱。1995年开始招收研究生，指导研究生数十名。

其学术主要研究方向是传统建筑保护修缮、传统建筑设计及其理论和建筑风水、建筑环境规划设计。在上述领域有较深的造诣。先后主持和参加了科研项目8项，其中“中国古代建筑设计理论研究”项目获1993年度国家教委科技进步三等奖。先后出版了《岭南古代大式殿堂建筑构架研究》、《中国古代建筑与周易哲学》、《CHINESE FENG SHUI COMPASS》、《风水与建筑》，《中国风水罗盘》、《藏风得水》等专著，合著有《中国建筑艺术史》、《中国传统建筑》、《澳门康公庙》，参编了《中外名建筑鉴赏》、《广州大百科全书》。发表学术论文50余篇，主要论文有《压白尺法初探》、《古建筑修建理论研究》、《南海神庙大殿复原研究》等。主持了广州光孝寺、韶关南华寺、开平碉楼、虎门炮台、广州南海神庙、东莞南社古村落、塘尾古村落等国家级、省市级60多项文物建筑保护规划与修缮工程，和广州六榕建筑设计多项，以及顺德顺峰山公园设计、英德市祯阳湖公园、英德滨江公园、山东蒙山风景区规划设计、浙江余姚四明湖风景区规划设计、四川遂宁广德寺环境整治规划、阳西大垌山旅游风景区规划设计等景区和英德市政中心区规划、山东建筑工程学院新校区规划等现代建筑规划设计多项。

1、建筑设计理论与方法的研究

中国古建筑的规划与设计思想与方法，一直以来少人研究关注，成果甚少。程建军教授认为这是中国建筑历史与理论研究十分重要的方面，因此他做了大量研究，发表了“中国古代建筑设计理论与方法”的论文、“中国古代城市规划之择中思想”、“压白尺法初探”、“莆田元妙观东岳殿彩绘研究”等相关学术论文，并于1991年出版了专著《中国古代建筑与周易哲学》一书，系统地探讨了中国古代建筑的设计思想、理论和方法，虽然不尽完善，一些方面未能全面展开和深入，但可以说开该领域系统研究之先河，对后续的该领域的研究有抛砖引玉之作用。以此为主要内容的研究课题“中国古代建筑设计理论方法”获得1993年度国家教委科学进步三等奖。