医院拥有全军传染病研究所、全军中药研究所、全军病毒性肝炎与艾滋病防治重点实验室、全军小儿肝病专病中心、国家中医药管理局“中西医结合医院”重点建设单位、“临床中药学”重点学科和“中西医结合肝病”重点专科。医院还是国家药物临床试验机构、全军临床药理基地、国家紧急救援网络医院、国家卫生部指定的涉外医疗机构、北京市医疗保险定点医院和中国人民解放军军医进修学院传染病学硕士、博士学位授权点及博士后流动站，是北京大学、第三军医大学等8所军地高等医学院校的教学实习医院，是中国妇联指定的全国青少年乙肝诊疗中心。