此时各地的李自成部队，仍旧有数十万之多。他本人率残兵一路经太原、平阳，返掠西安，把大部队留守于山西、河南一带抵御明清联军。

回到西安后，李自成精神萎靡，半年内基本没什么大动作。

1645年正月十二日，守潼关的李自成部将马世耀投降。转天，他与七千名农民军均被屠杀。

困愁于西安的李自成闻讯灰心，西北看来是待不住了。临撤退时，他下令部将田见秀把西安城内所有建筑和仓库烧毁。幸亏这位田将军还算有人性，只点燃了东门楼和南月城楼，为西安百姓留下了御寒的房屋与粮食。

李自成打不过清军，却渡过长江，在荆河口大败左良玉部明军，武昌、襄阳均落入李自成之手。他准备攻取南京。但清军追至武昌，李自成只得弃城接着逃。

四月下旬，在江西九江附近的一次大战中，农民军大败，数万人被杀，李自成的两个堂叔以及大将刘宗敏皆被俘后剐杀。

李自成身边仅剩下万把人。五月初四这天，农民军大队人马行至湖北通山县境。李自成胡乱吃了几口，就率28名亲兵在附近九宫山一带转悠，一来消遣愁绪，二来察看地形。

附近的山民听说有“贼人”到，就纠集了数十人来杀。这些老实巴交的农民，多年遭“流贼”之害，最重要的是，他们根本不知道有数千农民军在附近，只以为是一股小部队，故而有胆上来厮杀。

李自成手下人马立刻惊散。仓猝之间，李自成拍马就跑。

逃到牛背岭，又遇山间滂沱大雨，李自成坐骑陷于泥中走不动，他只好下马牵坐骑深一脚浅一脚前行。农民程九伯见李自成一人独行，身边又有匹好马，立刻手持锄头窜了出来。李自成毕竟身经百战，程九伯不是对手，被对方骑在身下。李自成压住程九伯，回手抽刀，但刀鞘中因雨水沾泥，一时间拔不出来。

此刻，程九伯外甥金二狗赶到，他见舅舅被一个大汉骑在身下要挨宰，情急之下，抡起铁铲冲李自成砍去，嚓的一声，一下子削去“大顺皇帝”半个脑袋。

一下岗驿卒（李自成最早从事的职业）死于一农民之手，结局充满了隐喻般的黑色幽默。可叹这一切，杀人“真凶”程九伯根本不知，与外甥一起在山中小屋看着草地上的大马傻笑。