我内心期盼大区党部领导人伯勒能带我去见元首，但这个希望没有实现，我便不假思索地在6月8日将我的报告寄给了元首。然后发生了意料不到的事：几天以后我被盖世太保逮捕了。我连同我的六本日记被两名官员用汽车带走。到了警察总局(阿尔布雷希特街)，我在那里被审讯了几个小时。后来，他们责成我要保持缄默以后，又恭敬地把我释放了。从此以后，不再允许我作报告，不准我出书，尤其是不许再放映约翰·马吉在南京拍摄的有关日本士兵暴行的影片。

他们取走了我的日记和影片。1938年10月我收回了日记，影片却被警方扣留了。与此同时，帝国经济部(我曾给该部寄去过我给元首的报告副本)通知我，说我的报告已被最高层阅过，但我们的外交政策不会改变。我对此的答复是：“我没有期待过这点。我曾经答应过中国政府将我在南京看到的和经历的向元首报告。这样我就完成了我的使命。”

附拉贝给希特勒的报告全文：

元首：我在中国的大多数朋友都认为，迄今为止还没有一份完整的有关南京真实情况的报告面呈给您。

在此附上的是我所作报告的文稿，其目的不是为了公开发表，而是为了履行我对身在中国的朋友们许下的诺言，即向您通报南京的中国平民所遭受的苦难。

如果您能让我知晓，此份文稿已面呈给您，我的使命也就此完成。在此期间，我已被告知，不得再作此类报告以及展示相关的照片。我将谨遵此项规定，因为我并无意和德国的政策以及德国当局唱反调。

我保证坚定地追随并忠实于您。

南京人民为拉贝捐款一亿

为了保护他的安全，公司随后把拉贝派到了阿富汗。但是在第二次世界大战结束后，拉贝由于曾是纳粹成员，因此先后遭到前苏联和英国逮捕。

据张纯如的《被遗忘的大屠杀：南京暴行》记载，这几年对于拉贝来说就像恶梦一般。他的寓所被炸毁，苏军占领柏林又使拉贝一贫如洗。他们一家之所以能生存下来，是因为他们住在柏林由英国人占领的部分，而不是苏军占领区。拉贝仍然断断续续地为西门子公司工作，把经济信函译成英文。但微薄的薪水仅能维持一家人的生存。

在战争刚刚结束的一段时期，拉贝遭到了很多愤怒的指责。首先，他被苏联人逮捕，在弧光灯前被审讯了三天三夜。然后，他又被英国人抓去折磨了一整天，但后来发给他一个工作许可证。(这个许可证对拉贝来说用处不大，因为西门子公司还没有给他一个长期职位。)在面见了朱可夫元帅并证实他没有犯错之后，他被释放。但是，苏联也禁止他向外界透露南京大屠杀的情况。

拉贝面对的最后的羞辱是因为一位熟人的告发，他被卷入了一场旷日持久的“非纳粹化”的过程中。他必须支付辩护费用，在这期间，他还失去了工作许可证，耗尽了积蓄和精力。拉贝一家挤住在一间小屋里，忍受着饥饿和寒冷，拉贝还不得不把他收集的心爱的中国工艺品一件件地卖给美军，以换取豆子、面包和肥皂。营养不良使他患了皮肤病，而悲哀和压力更是摧垮了他的身体。在南京，拉贝是一个传奇，而在德国，拉贝是一个垂死的人。