第三阶段为院试，是由各省学政(原称提督学院)主持的考试。学政三年一任，逢子、卯、午、酉年八月由皇帝亲自选派，到任后，依据距其驻地远近，由近及远，依次按临各府县考试。第一年为岁试，第二年为科试，正场、复试各一，考中者即为生员，送人府、州、县办的学校。被录取的新生员，还要写出亲供，内容与报考县试相同(姓名、籍贯、年龄、三代履历)，并注明身材、相貌，由主管官员审核，加盖印鉴，报送学校。入学后，生员就要经常接受当地考官的监督考核。

清代生员又分廪膳生员(简称廪生)、增广生员(简称增生)和附学生员(简称附生)三等。廪生须是岁科两试为一等者，每年可由国库支领白银四两，同时要承担一定的责任，主要职责是具结保证童生为身家清白、非冒名顶替等；增生没有廪银，也不承担职责，地位次于禀生；附生是府、县学额外录取的生员。当考官考核生员时，依据六项标准:文理平通为一等，文理亦通为二等，文理略通为三等，文理有疵为四等，文理荒谬为五等，文理不通为六等。生员参加科试后，只有名列一、二等和三等中名列前茅者(大省前十名，中小省前五名)，才能直接取得乡试的资格。其余名列三等的生员和因故未能参试的生员，在乡试之年七月下旬，可以参加学政主持的录科考试；录科未中及未参加科试、录科的生员，可以参加录遗与大收考试，被录取者，都可以参加八月举行的乡试。

乡试第三年举行一科，称为正科，遇有皇帝登基、万寿庆典等大喜之事，皇帝也下诏举行乡试，称为恩科。如果庆典恰逢正科，就以正科为恩科，正科则提前或推后一年，也有正科、恩科合并的情况。清代的乡试定制于八月举行，初九为第一场，十二日为第二场，十五日为第三场。每场均于第一天领卷入场，第三天交卷出场。乡试取中名额的数量，根据各地文风高下、人口多寡、丁赋重轻而多少不一，顺天府最多，达一百六十八名；贵州最少，仅四十名。九月放榜，名列正榜的称举人，他们要参加次年三月由礼部主持的全国性考试——会试。

会试前，与试者要经过礼部的磨勘，也就是对考试人、试卷的一系列核实，还要经过各省巡抚、学政的复试，考察他们是否文理通顺，是否冒名顶替等，防止舞弊。会试也分三场，三月初九日为第一场，十二日为第二场，十五日为第三场，也是第一天领卷入场，第三天交卷出场。三场为期九天的会试后，合格者为贡士。

新贡士还要经过磨勘、复试，才能取得殿试的资格，参加当年四月份举行的为期一天的殿试。考试内容为对策，以皇帝的名义出策问题目，贡士对策不限字数，但不得少于一干字。最后，由皇帝亲自定出前十名的次序，与其余合格贡士的名单一起交填榜官依次填榜，这就是人们所说的“金榜题名”。榜为黄纸，表里两层，有大、小金榜的区别，大金榜张挂于东长安门外，小金榜交奏事处进呈皇帝。前三名为一甲，赐进士及第；后七名人二甲，与其余入二甲者赐进士出身；第三甲赐同进士出身。一甲一名即为状元。