这是目前日本市场比较大的一种观点，包括日本的历史教科书，也取消了一直以来“死亡三十万人”的内容。事实上对南京大屠杀的报道，日本并不是战后才开始的。讲演通信社的《野战邮便旗》杂志最早曾在1941年2月10日描述了在南京日军曾经进行的大屠杀，并称这是为了“威慑敌人，促使蒋政府放弃抵抗”。然而，日方颇有舆论认为，中方认定的南京大屠杀造成三十万人死亡的数目太大，实际死亡人数低于此。如早稻田大学教授洞富雄曾在1982年发表的《南京大屠杀》一文中考证当时南京民间掩埋尸体约四万余，崇善会堂等慈善机构掩埋的遗体十五万五千，并据此推测当时死亡人数为约二十万人。日方并经常引用东京审判判决中关于南京大屠杀的内容 – “占领南京的一个月期间，共计杀害战俘三万人，包含男女儿童的非战斗员一万二千人，周边居民两万。同时，近郊的难民有五万七千人被证明因虐杀和饥饿而死。”由于这只是部分地区的统计结果，东京审判法庭推定南京大屠杀“死亡二十万人”。日方较多人认为大屠杀实际死亡人数在数万人，因为1938年3月9日《大公报》曾发表文章，称南京大屠杀死者6-7万。甚至有的日本人认为南京大屠杀死亡人数仅仅数千人，因为拉贝日记中写过这样的话：“放下武器逃入安全区的中国兵被搜捕，以数千人为单位有组织地处死”，他们显然没有理解“为单位”的含义。此外，曾任当时日本大使馆参事的日高信六郎声称，当时南京市人口总计不过三十万，不可能都被杀光，所以三十万的数字不够准确。

这种观点也可说是以偏概全。首先，《大公报》1938年报道南京大屠杀时根本无法到当地考察，死亡数字属于推断，不足为凭。其次，除了掩埋的尸体外，日军承认曾将大批尸体抛入长江，或焚尸灭迹，因此，根据掩埋尸体数量统计死亡人数，应有一定缺口。至于南京人口问题，日高统计的数字仅仅是安全区内的居民，事实上大屠杀发生的地区囊括整个南京及其郊区。南京人口在战前为101万九千人，南京战役打响的11月23日，市长马超俊尚表示南京还有市民五十多万，难民二十多万。由于上海，松江，苏州等地的失陷，大批难民涌入首都南京，当时国民政府和普通民众对于日军会攻占南京普遍思想准备不足，实际日本大本营最初也不准备占领南京。而当日军大举快速进犯，由于运输工具不足，加上南京卫戍司令唐生智下令封江，大批难民只得滞留南京直到日军破城，他们的人数无法统计。由于没有当地固定户口，住处和社会关系，在此后日军追捕“败残兵”，“便衣兵”的过程中，难民是首当其冲的受害者。