收复台湾后应实行何种行政体制，台调会及当时在重庆的台籍人士多主张采用不同于各省、而类似于日本在台总督府的行政体制，也有人主张“全盘改变日本统治时的制度，建立省政府，推行当时通行的一切法令规章”，但陈仪等人的意见最终占了上风。1944年8月，台调会拟成《台湾接管计划纲要草案》，送蒋介石审核。蒋介石有在美军攻占台湾后施行“军政府”的打算，台调会拟在台建立特别省制的意见与他的想法相近。至1945年3月，蒋介石才核定《台湾接管计划纲要》。该纲要规定“接管后之省政府，应由中央政府以委托行使之方式赋以较大之权力”。

8月，陈仪又向蒋介石提出不在台湾建立省政府，改设行政长官公署，作为过渡机构，蒋介石予以首肯。9月4日，《台湾省行政长官公署组织大纲》公布，规定：台湾省行政长官公署，于其职权范围内，得发布署令，并得制定台湾省单行规章。台湾省行政长官公署，受中央之委任得办理中央行政。台湾省行政长官，对于台湾省之中央各机关有指挥监督之权。

相比较而言，台湾省行政长官公署具有比当时大陆各省政府更大的权力。蒋介石站在专制独裁的立场，支持陈仪取鉴日本在台湾总督府的施政效率，漠视台湾民众要求与大陆省份“一视同仁”的心态，未料到行政长官制度的高度集权与经济统制政策会招致台湾民众的强烈抗争。

1943年底，美国海军上将尼米兹提议，直接攻占台湾和中国大陆的沿海地区，以切断日军在东南亚的战略补给线，并进攻日本本土。为此，美国海军军部制定了代号为“铺道”的攻台作战计划，并拟议与蒋介石取得协议，若可能，美军单独管理台湾，一直到日本投降和战后总解决为止。

尼米兹的计划遭到麦克阿瑟的反对，他主张先进攻菲律宾，而罗斯福总统对此不置可否。1944年美军占领雷特岛后，尼米兹等人经过商议，认为占领菲律宾、琉璜岛及琉球群岛应列为优先，遂放弃“铺道”计划，进攻琉球。1944年11月，美国空军遂大规模空袭台湾的日军设施。

随着美军逼近日本本土和希特勒德国的覆亡，接收台湾迫在眉睫。1945年4月7日，蒋介石批准由台调会和党政军各机关主管人员每月开一次联席会议，会商接收事宜。5月，在重庆召开的国民党第六次全国代表大会上，蒋介石再次誓言“受日寇劫掠最早之台湾，重归祖国，始为我抗战彻底之胜利”。其间，他接见台湾沦陷50年来第一位台籍国民党代表谢东闵，问询有关台湾的情况，要谢东闵转告台胞“台湾的光复快要到了”。

台湾终于回到祖国怀抱