首先，三可亚瑜伽侧重于哲学思辨的层面；而奉爱瑜伽则侧重于无条件信仰的层面。或者说：前者偏向于哲学性；后者偏向于宗教性。三可亚瑜伽修行，要按照《韦达经》的训谕，用大量的时间、精力、知识去寻找物质世界的根源“维施努”，找到生命的终极目标，从而认识到生命并非物质世界的所属部分，而是至尊“梵”整体的所属部分；灵魂与物质世界并无关系，但其活动必然跟至尊“梵”有某种联系；行者必须不依附于物质，而是依靠超然中获得的圆满知识，才能升华到至尊“梵”处。因此，三可亚瑜伽的整个实行过程，离不开哲学研究与思辩。而奉爱瑜伽的修证过程，不强调脱离物质活动，只是倡导转化活动的动机，从而无条件地绝对信奉至尊人格神，一切修证活动都归结到对至尊人格神的无私奉献活动中来。

其二，归依的对象不同。一般来说，超然主义者可分为两类，即非人格主义者和人格主义者。崇拜人格神的奉献者以全副的精力投入对至尊人格神的服务奉献之中；非人格神主义者也自我投入，但不是直接为至尊主服务，而是冥想非人格梵未展示的存在。通过奉献服务直接崇拜至尊主的叫人格主义者；而那些对非人格梵冥想的人，则叫做非人格主义者。上述两种瑜伽中，三可亚瑜伽则倾向于非人格主义；面奉爱瑜伽则倾向于人格主义。

瑜伽是通过身心的控制、认识绝对真理并实现自我与宇宙本体相融合的过程。而绝对真理或宇宙本体，通常以三种形态来体现，一是“梵”，即遍存于万有的非人格灵性，又称非人格神；二是“超灵”，即至尊“梵”在众生心中的未觉悟的体现，通常又称为“灵魂”或“神识”；三是“薄伽梵”，即至尊人格神，如至尊主奎师那。这三方面本为一体，实无本质区别，类似于佛教中所说的“法、报、化”一佛三身，只是展示的方式与特征不同。

三可亚瑜伽，重视对非人格神“梵”的认识与归命，强调从各种韦达经典中去理解至尊的未展示的部分，所以要学习特定的语言，理解非感性的感觉，以期得到梵我一如。

而在《薄伽梵歌》中，认为普通的修行者，要完全学习理解终极梵的知识、观想抽象的非人格梵，非常困难。于是推崇人格化至尊主奎师那，以其作为归敬观想的对象，这就是至尊人格神。奉爱瑜伽正是以至尊人格神为唯一、终极归依对象的。

其三，修行方式不同。在三可亚瑜伽奉行的韦达知识系统中，修行者要奉行贞守，跟灵性导师学习梵的知识，奉行《韦达经》业报之部所提及的仪式和献祭活动，如每日三次领悟各种祷文、清晨沐浴、向祖先致敬等，以梵的代表音符“噢姆”（om）作为日诵主体，并深入讨论功利性活动，指引大众逐渐从追求感官享受转到思索寻求，促进自我觉悟的提高，直至达到无上的超然层面。