王晓方说，雷默与丑儿的情感基础是相知，他们互相喜欢不是因为权力、金钱和美貌，而是情感的相通。之所以塑造丑儿这个人物，就是要烘托雷默的情感品味，从一个侧面对雷默进行刻画，丰满雷默的形象。小说中，时常出现雷默类似内心独白的语句，他或谴责或发议论。王晓方说，他这样处理，完全是表达人物情感的需要，并不是说通过雷默表达他自己的观点。不过，雷默所反映出来的反腐倡廉的想法符合他的创作初衷。

关于主题：对反腐倡廉寄予希望

与《驻京办主任》批判跑官要官不同，《市长秘书》则寄托了王晓方对反腐倡廉的希望。

他说：“我所写的雷默和丁能通都是知识分子。中国的知识分子有两面性，一方面有爱国意识，有理想、有知识、有做人的底线；但另一方面又有患得患失、爱面子、自尊心强、妄自尊大等特点。正因如此，他们为了往上爬而患得患失，不敢直面上司，不敢得罪上司，更不敢与上司的腐败行为做面对面的斗争，同时又不愿意和上司同流合污，千方百计明哲保身，不愿自毁前程。这些特点在雷默和丁能通身上都有所表现，这种人是一大批，雷默和丁能通就是他们中的典型。”

王晓方说，他对铲除腐败充满忧患意识，“老百姓期待铲除腐败，这种期待在雷默身上得到了充分体现。我将官场、商场和情场融会贯通，以悲悯情怀和忧患之心，探讨了一个问题———杜绝腐败必须有好的制度制约。”王晓方说，他在《市长秘书》中之所以把前后两任市长都写成腐败分子，就是想揭示一个道理，反腐败不能寄托在个人修养上，只能靠政府制度改革，否则只能是“前腐后继”。

王晓方说，政治无处不在，它潜移默化地影响着我们的命运、生活。“我发现喜欢读官场小说的读者群很大。文学如果不关心读者，肯定走不远。作家要避免以精神贵族自居，把自己看成高于读者的人，而要把自己当成其中一员，共悲欢。”

关于形式：叙述结构需心态配合

有读者认为，与《驻京办主任》相比，《市长秘书》似乎文学性更浓了，但因为用了不断闪回的倒叙式结构，故事性和阅读快感却没有《驻京办主任》强。

对此说法，王晓方称，《市长秘书》的叙述结构不是从故事出发，也不是从人物出发，而是从心灵出发，叙述手段也不是常规的直线方式，而是采用了交叉对比的描写方式，“我觉得这样叙述更鲜活，更深刻。当然这种结构需要宁静致远的心态，心浮气躁肯定读不好”。