蒋介石抵制美国分裂中国的企图最突出的，是他对美国“划峡而治”方针的坚决抵制。毛泽东则一眼看穿这个方针是美国政府年代初搞的“台湾自治”、“台湾地位未定论”的翻版，是美国分裂中国的新阴谋，他当即令我与美方谈判的代表严正拒绝，并揭露了美国的阴谋。在台湾，蒋介石也对“划峡而治”方案做出了激烈反应。19日，蒋命令台湾当局的“外长”黄少谷在“立法院”声明：美国的方案“损我权益”，我“决不承认”。杜勒斯并不死心，他在9月30日召开记者招待会，向蒋介石再次提出。蒋介石十分气愤，他立即做出了激烈反应，于10月日专门接见美国记者并发表谈话，明确表示：反对从金门、马祖等沿海岛屿撤军。他还尖刻地说：我没有接受杜勒斯谈话的“义务”。杜勒斯见蒋介石发了火，便于10月20日专程飞台，与蒋会谈。会谈中，杜勒斯又一次压蒋介石接受“划峡而治”的方案，蒋介石大发雷霆，断然拒绝了杜勒斯的方案。就在杜勒斯与蒋介石会谈的当天，中华人民共和国国防部发布恢复炮击的命令。命令特别指出：“中国人的事绝不允许美国人插手，这是民族大义。”毛泽东和蒋介石的强烈反对使美国不得不放弃其“划峡而治”的方案。耐人寻味的是，在10月23日发表的蒋介石与杜勒斯的会谈公报中，蒋介石放弃了“反攻大陆”的口号。毛泽东后来以赞赏的口气评论了蒋介石对美国的防备。

毛泽东坚决反“台独”，并且为祖国统一而真诚打算采取“联蒋”的政策，使蒋介石也认识到，在这个问题上，共产党是对的。他加大了打击“台独”的力度。1958年和1959年这两年，蒋介石下令大批抓捕“台独”分子，不仅把“台独”头领彭明敏等人长期关押，而且他对任何鼓吹“台独”的人都不放过，一经抓起来，长期关押。196年4月，台湾选举各县、市长和“省议员”蒋介石明令：凡是鼓吹“台独”的人，不得参加选举。受日本和美国支持的“台独”头子廖文毅1960年跑到日本的横滨组织“台湾独立统一战线”，自任“总裁”。蒋介石知悉后，派员与日本政府交涉，要日本政府取缔所谓“台湾独立统一战线”。日本政府顾及与台湾当局的关系，也采取了一些限制廖文毅活动的措施。虽然日本政府做的是表面文章，但在蒋介石的强烈反对之下，廖文毅在日本搞的“台湾独立统一战线”组织始终发展不快，后来不得不移往美国活动。

毛泽东注意到了蒋介石政策的变化，他对于蒋介石采取的打击“台独”的行动是赞同的。1959年10月5日，毛泽东在同拉丁美洲十七国共产党代表团谈话时说：“我们反对‘两个中国’，蒋介石也反对‘两个中国’，我们有一致之处，有共同点。”