传说中西楚霸王项羽的军队入关以后，移恨于物，将阿房宫及所有附属建筑纵火焚烧，化为灰烬。这个说法流传了约2000年，但考古发现否定了这一说法。

考古工作者在阿房宫前殿遗址20万平方米的勘探面内只发现了几处红烧土遗迹。 专家 认为，这意味着阿房宫前殿遗址在秦末战乱中并未遭到大火的焚烧，表明历史上有关项羽放火焚烧阿房宫的记载是不准确的。

李毓芳表示，这在古文献中也有证明。《史记·秦始皇本纪》载：“项籍为从长，杀子婴及秦诸公子宗族。遂屠咸阳，烧其宫室，虏其子女，收其珍宝货财，诸侯共分之。”项羽是对咸阳采取了烧、杀、抢虏的政策，而没有提到烧阿房宫。《史记·项羽本纪》载：“烧秦宫室，火三月不灭。”在这里也只字未提火烧阿房宫。现在看来，因为阿房宫没有建成，连前殿都没有建成，前殿夯土台基上面没有宫殿建筑，项羽也就没有必要渡过渭河来放火烧一个没有宫殿建筑的夯土台子，所以传说认为项羽烧了阿房宫是错误的。

至此，经过5年详尽的调查、勘探和发掘，考古人员已经彻底搞清了秦始皇未修建完成的阿房宫的规模、范围、 布局 和结构，并且澄清了火烧阿房宫的说法，还原了秦阿房宫的本来面目。

李毓芳表示，考古队在寻找和确定秦阿房宫范围的过程中，勘探、发掘了7座战国时期秦国修建的皇家 公园 上林苑内的宫殿建筑(其中有四座建筑还沿用到了汉代，成为了汉代上林苑中的宫殿建筑)，这7座宫殿建筑应该得到很好的保护。建议把它们划在秦阿房宫遗址的保护区内，与秦阿房宫得到同样妥善保护，以使这些还存在于地表以上的高台宫殿建筑遗迹免遭破坏或消失。