1602年，倭寇进据台湾西部。福建浯屿(金门)营将沈有容统舟师抵台，大破倭寇，泊舟大员地方。番人酋长率数十人来叩谒，献鹿馈酒。这也是中国军队第一次从外国侵略者手中收复台湾。此役陈第随军，写了一篇《东番记》，真切地描述了台湾。台湾再次被大陆明政府直接控制。
占领台湾第六役
荷兰殖民者为争夺贸易权，于１６０３年进攻葡萄牙人占据的中国领土澳门，未果后退至南洋。１６２２年，荷兰人在第二次进攻澳门不成后，又退踞澎湖。公元１６２４年，明朝派水军万余众，战舰数百艘进击荷军，荷兰人被痛打至举白旗投降，但惨败的荷军撤到了台湾岛。由于当时明朝正处在和满清人的战争，所以顾不上台湾的荷兰入侵者。１６２６年，西班牙人也登上台湾岛，占据北部。荷兰人向西班牙人进攻，最终于１６４２年赶走西班牙人，获取了对整个台湾的控制权。
公元１６６１年３月２３日，郑成功乘侵台荷军兵力薄弱(千余人)及其援军受季风影响难以赴台之机，亲率将士２.５万人、战船数百艘，由金门料罗湾出发，四月初二晨抵荷军疏于防守的鹿耳门港(今台南市安平港北)外。郑成功乘中午满潮，率师通过道纡水浅的北航道，驶入鹿耳门港，令水兵４０００抢占北线尾岛，全歼荷军守兵；自率主力通过大海湾，直插禾寮港，在岛上数千同胞接应下上岸。四月初三，郑成功乘胜扩人战果，集兵１.２万包围赤嵌城，断城内水源。在城周布设火器，对荷军形成军事威慑。遣送俘获的赤嵌守军头目描难实叮之弟夫妇回城劝降。初四，描难实叮因势穷率众出降，郑成功予以厚待。在郑成功优俘政策感召下，荷军中黑人士兵亦倒戈降附助战。郑军未到之鸡笼、淡水等地，台湾同胞自动拿起武器驱逐荷军。台湾城被围困八个月后，第二批郑军登陆。十二月初六，郑成功下令炮轰台湾城外重要据点乌德勒支堡，发射炮弹两千余发，当晚破城。龟缩台湾城内的荷军残余六百余人，由于伤残、饥病，几乎丧失战斗力。荷兰殖民评议会召开紧急会议，决定愿在优惠条件下交出城堡。１６６２年２月１日，揆一代代表荷方在投降书上签字。至此，被荷兰殖民者侵占达３８年之久的台湾回归中国。
占领台湾第七役
清朝盛期，康熙大帝对台湾的策略又改为招抚，从此就开始长达十几年的议和谈判，但始终没有结果。公元１６８１年，乘郑经病卒、其子郑克塽年幼初立和台湾本土出现内讧之际，康熙大帝决定发兵统一台湾。
