据南宋楼钥的《攻集》(卷88)《汪公行状》记载，公元１１７１年四月，南宋命汪大猷为泉州知州（今福建），在澎湖建房２００余间，并且派数千将士屯田常驻。次年派水军万余众征伐台湾本岛，在击退土人抵抗后在本岛驻军下来，为解决驻军的给养问题，实行屯垦制度，并委派朝官开牙建府。这也是中国历史上首次在台湾地区正式驻军。
占领台湾第四役
元代台湾称为 “琉球”。元初积极经略海外，曾派兵南征安南、占城和爪哇，两次东征日本，对于近在咫尺的台湾，自然不能熟视无睹，故有两次招抚台湾之举。一次是因使者言语不晓，被杀死三人，遂无功而还。第二次是张浩、张进赴琉球国，生擒130余人而还，不久又将所俘留求人放回，要他们效顺，但却等来个杳无音讯，更无下文。元代两次招抚台湾没有结果，但在澎湖却有了功业，设立了巡检司，隶属于泉州府同安县。这是大陆政府在澎湖建立正式政权机构的开始。
公元１２９２年，忽必烈派熟悉水战的汉军六千余人、战舰三百余艘前往琉球，招抚当时的土著高山族。元军抵达后遭到当地土人的抵抗，无奈元军人数太少，再加上水土不服，士气低落，终于兵败将倒，剩余的汉军只能逃回大陆。
公元１２９７年，忽必烈再次任命福建平章政事高兴为东征大将军，率汉军水师一万五千余众战船数百艘再次进兵琉球，经过数月的激战终于一举拿下琉球本岛。
占领台湾第五役
明代初年，由于北方蒙古的威胁，又鉴于元代用兵日本、占城的失败，所以明太祖无意向海外扩张，把朝鲜、日本、大琉球、小琉球等均列入不征之地。明太祖不仅无意经营台湾，甚至因为倭寇的关系，连已入版图的澎湖亦予放弃，撤掉澎湖巡检司，将澎湖居民内迁到漳州、泉州。等明成祖继位以后，对海外采取积极政策，于是有了郑和七下“西洋”的盛事。
自嘉靖以来，在闽、浙、粤海上，出现一些亦盗亦商的豪强人物，被称之为“海寇”或“海盗”。他们中的某些人，如林道乾、林凤等，以台澎为进退地点，活跃于台湾海峡，对于台澎的开拓，不无促进之功。同时，自戚继光、俞大猷剿除闽、粤倭寇窟穴以后，倭寇依然贼心不死，仍不时出没台澎之间，侵扰大陆沿海。明朝为了扫荡海盗，驱逐倭寇，又开始重视澎湖，在澎湖加强设防，并且数度派兵到达台湾，视台湾为国防前沿。万历元年(1573年)，海寇林凤继起，拥众万人。第二年，福建总兵胡守仁打败林凤、林凤退到澎湖，再退到台湾魍港(即北港)。总兵胡守仁又统兵紧追，并传谕台湾番人夹攻其船。林凤乃奔往吕宋岛，攻夺马尼剌。万历三年(1575年)，林凤为西班牙兵所败，又转到台湾北端的淡水洋，被总兵胡守仁追及击溃。
