《办法》的出台也是对当前经济适用住房市场的错位、混乱、不公平不公正、钱权交易及经济适用住房的商品化的严重纠编。因为，目前这样的经济适用住房的市场，不仅没有达到政策所设想的目标，反之成了钱权交易泛滥、政府信度弱化的不公平不公正的市场。而《办法》则对经济适用住房运作基本环节作了清楚原则性规定。这些规则不仅体现了市场化、程序化的原则，也体现了公平公正的原则。正是这意义上说，《办法》基本上可促使经济适用住房市场向健康方向的发展。

但是，《办法》对购买经济适用房对象的规定不足及经济适用住房的覆盖率太低，从而使得该政策实际效应大为弱化。因为，从《办法》所规定的经济适用房购买对象来看，用户口制度及收入水平的双重限制，它不仅是对户口之外的居民是一种严重歧视，也会严重地阻碍中国整个城市化的进程。因为，就目前中国快速的城市化进程来看，人口出现大幅度地流动及聚集。可以说，目前中国城市化进程发展最快、最为活跃、最有生力部分，也就是这些刚刚进入一个新城市的居民。而这些刚迁入新城市的居民与原住居民相比，无论是废品上还是财产占有上都存在严重的劣势，因此他们的住房条件应该是最困难的群体。但是，《办法》则把他们隔离分享经济适用住房的体系之外，应该是相当不公平的。比如说，有一些大城市，就是把经济适用住房作为解决拆迁居民住房的定向供应。

还有，由于《办法》对经济适用住房购买对象有一系列严格的规定，这自然使经济适用住房的覆盖率减小到一个十分低的水平上。可以说，按照《办法》的规定，城市居民进入经济适用住房的体系的居民十分小。这样，特别是在目前的高房价下，从而使得一个设计好的解决低收入居民住房保障体系不能够惠及绝大多数人。正因为，经济适用住房的覆盖率低，从而使得它对房地产市场的影响十分有限。