此外，何云文化水平有限，讲话又夹杂难懂的方言，宋美龄也对他逐渐有了反感，一直要陈立夫换人。

1935年5月，何云被调离侍从室，被授予军委会少将参谋的头衔，限制在参谋办公室中赋闲，领取一份高薪算作“恩惠”。

1937年秋冬之交，日寇大举南下，何云回到老家隐居。翌年四五月间，浙江沦陷，何云又从平阳流落到建德县，再转至淳安县。

此际，日伪军到处奸淫烧杀，投敌汉奸乘机敲诈勒索。淳安县的伪县府，居然张贴告示，向各村各乡强索“大东亚圣战军饷”。在几位忍无可忍的乡绅怂恿下，何云想以“委员长”的身份，“镇邪压恶，助长正气”。一天，他稍作化装，带领几个“随员”，找到伪县长。伪县长碰上突然登门的“委员长”，惊吓得魂飞胆碎，连忙跪在地上，恳求开恩赎罪。何云对他训斥了一顿，要他撕去告示，免收军饷。后来果真奏了效。此事，一度成为何云的“佳话”。不过，何云因此担心被敌伪“追踪”，而逃至西南大后方，浪迹多年。1945年抗战胜利后，何云回到浙江，定居杭州。

1952年8月台湾出版的《中国国民党将领传略》一书中载有对何云的简介。那时，他已病逝。