他在17次联赛中贡献了6粒进球，在6次的冠军联赛中也打入1球。他在客场对阵皇马以及切尔西的胜利中出色表现，这些重量级对话令他声名鹊起，这两场比赛也被认为是他表现最出色的比赛之一。2006年3月7日，在冠军赛第二轮的第二回合对阵切尔西的比赛中，梅西拉伤了右腿肌肉，从而时代过早的结束了他的这个赛季，尽管巴萨依然在这个赛季成为了西班牙和欧洲双料冠军。

2005/06赛季末的伤势迫使他离开足球场长达两个月，甚至几乎让他缺席世界杯。然而06年5月15日，他被选入阿根廷国家队参加联赛。他在同阿根廷u-20的告别赛中出场了15分钟，在对阵安哥拉的热身赛中也替补上场。他在板凳上目睹了阿根廷首战取胜科特迪瓦开幕赛。之后对阵塞黑的比赛中，梅西在第74分钟替补出场并成为了代表阿根廷国家队参加世界杯的最年轻球员。上场不久他就助攻克雷斯波得分并打入最后一球帮助阿根廷6-0大胜对手。这一球使得他成为了世界杯史上进球年纪最小的球员。梅西随后出现了对阵荷兰的首发阵容中，双方互交白卷言和。对阵墨西哥的比赛中，他在第84分钟被换上场并打入1球，但却被颇具争议的越位判罚所取消，这也使得阿根廷必须通过加时赛才得以晋级。而消耗了更多体力的阿根廷最终遇阻东道主德国，在点球大战中败北。

2006/07赛季，梅西持续的强劲表现令他不用在更多地处于替补席，他开始在更多的比赛中首发出场，他的出色表现填补了埃托奥受伤缺阵的空白，并且掩盖了后防的乏力表现。但11月对阵萨拉戈萨的比赛中，梅西趾骨被铲伤无奈缺阵3个月，这也令巴萨的夺冠道路遭遇重大打击。梅西2月复出后逐渐恢复状态。巴萨4月应战死敌皇马，梅西在最后时刻上演帽子戏法令10人应战的巴萨3-3战平对手，这也是自罗马里奥(巴萨,1993/94赛季)和萨莫拉诺(皇马,1994/95赛季)后10多年来首度在世纪大战中上演帽子戏法的球员。尽管梅西在最后13联赛中打入11球，但巴萨还是因为对战纪录欠佳未能获得联赛冠军。

1986年的墨西哥世界杯，马拉多纳在同英格兰的比赛中上演世纪进球。而被贴上“新马拉多纳”标签的梅西也复制了这一进球。2007年4月18日，在国王杯半决赛对阵赫塔菲的比赛中，梅西长途奔袭62米，晃过包括门将在内的6名队员完成这一千里走单骑进球，连进球的位置都何其类似。而稍后联赛中同西班牙人的同城德比战，梅西又复制了马拉多纳著名的“上帝之手”。难怪队友德科笑话说：“没有比莱奥更像的了。”

2007年7月的美洲杯，阿根廷首战4-1取胜美国，梅西开始展现出进攻组织者的才能；次战4-2取胜哥伦比亚，梅西创造的点球机会让克雷斯波一度扳平。随后又创造任意球让里克尔梅得分；小组赛末战1-0胜巴拉圭，梅西替补出场后助攻马斯切拉诺打入唯一进球。半决赛打入第2球又帮助阿根廷3-0完胜墨西哥。但阿根廷却在决赛中0-3完败于巴西。