同年９月，刘少奇主持起草《关于农村社会主义教育运动中一些具体政策的决定》（“后十条”草案），田家英却应刘少奇的要求参与其事。两个文件之间的差异，也是两个主席之间的差异，田家英离毛泽东的思路越来越远。田家英的书生气，田家英的正直，在关于《海瑞罢官》的评价上表现得淋漓尽致。当江青向毛泽东提出，吴晗的《海瑞罢官》有问题，要进行批判的时候，毛泽东要田家英读一下《海瑞罢官》剧本，并且提出自己的意见。田家英看过剧本以后，他没有附和江青的说法，而是向毛泽东报告说，看不出《海瑞罢官》有什么阴谋。

１９６５年秋天，姚文元批判《海瑞罢官》的文章发表以后，１２月２１日，毛泽东在杭州与陈伯达、田家英、胡绳、关锋等人谈话。毛泽东说：“戚本禹的文章很好，我看了三遍，缺点是没有点名。姚文元的文章也很好，对戏剧界、历史界、哲学界震动很大，缺点是没有打中要害。《海瑞罢官》的要害问题是‘罢官’。嘉靖皇帝罢了海瑞的官，１９５９年我们罢了彭德怀的官。彭德怀也是海瑞。”此语一出，四座皆惊。一向善于见风使舵的陈伯达，急忙讨好江青，把毛泽东关于“要害”的论断转告江青。田家英在整理和订正毛泽东杭州谈话的时候，却有意删除了这一段论述，以保护吴晗和彭德怀。这件事被江青、陈伯达抓住不放，给田家英定了一条“篡改毛泽东著作”的罪名，横加迫害。田家英因为《海瑞罢官》的问题得罪了江青，这位刚直不阿的 “书生”，又因为对“顶峰”论、“最高最活”论的批驳而惹恼了林彪。这是１９６５年６月２９日的事情。罗瑞卿召集有关人员，讨论为总政治部编印的《毛主席语录》所起草的再版前言。前言中写入了林彪“发明”的毛泽东思想“最高最活”，是当代马克思列宁主义的“顶峰”的提法。罗瑞卿对于这些提法都是有看法的，为了慎重起见，罗瑞卿当场打电话给具有很高理论水平的田家英，询问这些提法对不对。田家英明确地回答说，最高最活的说法不确切，不好理解，也不好翻译。最高，那么今后再不能高了？既然有最高，是不是还有次高啊？最活，是不是还有次活？既然讲活，就会有死，难道马克思恩格斯的著作都是死的？说是顶峰，也不科学，到了顶峰，难道以后不能再发展了？田家英的这些话，在罗瑞卿被批判时又被揭露出来，田家英反对毛泽东的“罪行”，也增加了新的内容。

陈伯达的政治野心，随着他在党内地位的上升而日益膨胀。他常常向田家英询问，毛泽东在读什么书，讲了什么话，刺探风向。田家英对陈伯达的这一套很反感，公开地表示对这种行为的鄙视。还有，陈伯达和田家英分别担任中央政治研究室的主任和副主任，陈伯达对研究室的工作却经常撒手不管，田家英把工作领导起来，陈伯达却污蔑田家英越权，田家英不能忍受这种污蔑，与陈伯达当面对证，这使陈伯达对他的仇视更加深了。