长期以来，这个简称为“中美合作所”的战时跨国军事情报合作机构，成了广为人们熟知的 “美蒋罪行”的代名词。原国民党当局在重庆歌乐山下设立的那两座臭名昭著的政治犯监狱：白公馆和渣滓洞，曾被称作是“中美合作所集中营”的组成部分。歌乐山革命纪念馆也曾一度名为“中美合作所集中营美蒋罪行展览馆”。而使“中美合作所集中营”的恶名深入人心的，则是20世纪60年代出现的长篇小说《红岩》和由此改编的电影《烈火中永生》、歌剧《江姐》等文艺作品。

其实，中美合作所与白公馆、渣滓洞监狱并不是一回事。

抗日战争胜利后，按照当初中美合作所成立时《协定》的规定，美方人员分批回国。1946年1月，中美合作所正式宣告结束，经军统局报蒋介石备案，中美合作所中的军统局人员回军统局报到，非军统局人员则发给三个月薪金资遣。不过，因为中美合作所的中方负责人是军统局负责人、特务头子戴笠，美方副主任梅乐斯又不顾美国当局禁令竭力介入中国国共两党冲突的内政，再加上该所训练的特工和美式武器都被国民党当局用到了反共内战中，因此，便有了一个“扶蒋反共”的恶名。在中美合作所撤销之后，在其原址及其附近发生的监禁、虐待和屠杀政治犯的罪责，也被算到了它的账上。特别是在1949年国民党政权在大陆崩溃时发生的对被关押政治犯的集体大屠杀，更被视为“中美合作所大屠杀”，使“中美合作所”声名狼藉。